随着武士阶层的兴起和以天皇为首的朝廷与中央、地方贵族的式微，也由于早期日本儒学自身的弱点，作为天皇制中央集权制思想工具的儒学的影响显著削弱。加之从894年起，日本停止了遣唐使的派遣，仅仅借助商人来往输入少量中国图书，因此，尽管当时中国的宋代已兴起新儒学——宋学，但尚未传到日本。日本儒学缺乏外来思想的刺激，成为大学博士们的世袭家业，他们的任务仅是每年年初参加朝廷举办的仪式。在镰仓时代初期，大学寮被烧毁后不再复建，就连藏在仓库里供“释奠”用的孔子与十哲画像，也屡次遭窃。1244年，朝廷欲向群臣和博士们募捐，重制庙器与礼服，恢复“释奠”，但以儒学为业的博士们却以贫穷为由拒绝。

    在当时的日本思想界，影响最大的是佛教，其中在武士阶层中影响最大的则是禅宗。禅宗既不同于中国其他佛教宗派，更和印度佛教有别。它是中国土生土长的佛教宗派，是中国南北朝时期玄学与佛学两大潮流交汇的产物。它认为，人的本心即佛，佛即本心，主张佛性人人固有，不须读经，不必礼佛，将佛教烦琐的教义和长期的苦修归于简易，允诺“顿悟”而“立地成佛”。禅宗在唐代中期以后风靡中国大陆，在12世纪末和13世纪初由荣西和道元传入日本后，受到文化水准较低且无暇读经礼佛的日本武士阶层的欢迎。然而，当日本的佛门子弟蜂拥前往中国的五山十刹问禅时，中国禅宗已过了高峰期。在南宋后期的中国思想界，新儒学——理学（宋学）却如日中天。

    宋学始于周敦颐，经张载、程颢、程颐，到朱熹而集大成。它吸收佛教华严宗、禅宗的思想和道教的宇宙生成论及万物化生论，将儒家思想哲学化，因而与禅宗在许多方面是脉络相通的。但是，宋学为争正统，在表面上却极力排佛。禅宗则以禅儒一致为标榜，力图调和儒佛以挽回颓势。因而南宋以后，中国的禅僧大多兼习禅儒，来华问道的日本禅僧由此也受到宋学的熏陶。这些禅僧返回日本后，为争取统治阶级皈依禅宗、与其他佛教宗派竞争，便想利用统治阶级原有的儒学修养。而最便利之途，莫过于将旧儒学改造为讲求性理的宋学，然后利用宋学与禅宗的近似处，将统治阶级吸引到禅宗方面。因而，日本五山的禅僧也兼习禅与宋学，从而传播了宋学。可以说是禅宗在日本的流行带来了镰仓时代中期以后中国新儒学——宋学在日本的传播，从而在日本历史上产生了深远的影响。

    关于宋学何时传入日本，学者们说法不一。大部分学者认为，虽然12世纪初就有宋学著作传入日本的历史记载，但携来有关著作并对宋学有一定理解的是日本禅僧圆尔辨圆。圆尔于1235年到宋留学，1241年回国，他携回的书中有朱熹的《大学或问》、《论语精义》等著作。他曾为镰仓幕府执政北条时赖讲解南宋居士奎堂的著作《大明录》，还著有《三教要略》和《三教典籍目录》。圆尔以后，禅僧天佑、净云等也曾留学宋朝，并在返日后传播禅宗和宋学。

    在日本弘布宋学的不仅是日本禅僧，还有由南宋和元赴日的中国禅僧。镰仓时代中期，南宋西蜀禅僧兰溪道隆曾在1246年赴日，1252年受幕府执政北条时赖之邀到镰仓，以后还曾受到后嵯峨天皇召见。南宋禅僧兀庵普宁、大休正念也曾到日传布宋学。元灭南宋后，还有一些禅僧流亡日本。也有奉元政府之命赴日的，如一山一宁。他于1299年抵日后因幕府执政北条贞时挽留而定居日本，在镰仓、京都讲学20年，培养了不少兼通宋学的名僧。在日本禅僧将宋学著作引进日本之后，这些中国禅僧着重于宋学义理的阐发，使宋学传播更深入了一步。在僧人之外，也有中国的儒者赴日讲宋学，但人数较少，影响也不如禅僧大。

    然而，禅僧们兼习与传布宋学，其目的并不在于推广儒学，而是借机弘扬禅宗。因而当时的禅僧大抵先讲“儒佛不二”，承认宋学与禅宗思想的共同性，然后再讲禅比儒高明，以使信者皈依禅宗。禅僧义堂在劝说室町幕府将军足利义满皈依禅宗时，便先极力劝说其学习宋学。他在对足利义满解释宋学较汉唐训诂性质的经学的高明之处时，称这完全是由于宋儒受到禅宗的影响所致。后来足利义满果然皈依了禅宗，并听取义堂的建议，完善了禅宗的五山制，又营造了相国寺。而义堂达到目的后，便不再劝说足利义满阅读宋儒著作了。

    禅僧的这种功利主义态度必然限制他们对于宋学的理解与研究。在镰仓中期之后，日本儒学虽然接受了大陆传来的崭新思想材料，出现了发展的前景，然而当时的社会关系尚未要求把新儒学作为统治阶级的意识形态，新儒学也未寻到独立的负载者，所以新儒学是作为禅宗的附庸走上前进之路的。

    当时的儒学不仅在禅僧和武士阶层中传播，朝廷中的天皇、公卿和以儒学为家业的明经博士家也受到了影响，给宫廷儒学带来了一些变化。但由于朝廷在政治上的无权，儒学的影响也没有走出京城的范围。在宫廷中，对提倡宋学尤其是朱子学最为热心者，是后醍醐天皇。他以朱子学的“大义名分”论为思想武器，导演了一场“建武中兴”，一度曾恢复天皇亲政。

    禅僧兼习宋学，除了由于传播禅宗的需要之外，还出于禅宗内部生活的日常需要。禅林的日用文书多使用汉字的“骈文”体，经常要引经据典，除引用禅宗的语录外，还引用大量的儒典、诸子百家乃至中国文学作品。因此，禅僧不仅要学会写骈文，还要熟记许多经典。于是一些禅僧便专攻儒家某种典籍，用以教授禅林同道。在室町时代，即使在作为禅宗大本营的京都五山，也出现了一些专攻儒家典籍的禅僧。在京都五山中，东福寺尤以专攻儒典见长。自从一山一宁的弟子虎关炼师开辟了专攻儒典的学风后，歧阳方秀在日本第一个公开设教席讲解朱熹《四书集注》。后来的萨南学派和海南学派，其学术源头均可上溯至东福寺。脱离禅宗而独立、成为江户时代儒学开创者的藤原惺窝则出身相国寺。建仁寺的古涧慈稽也专攻儒典，其弟子林罗山成为江户时代朱子学派的开创者。

宋代思想家朱熹

朱熹文稿

    在室町时代，尤其是“应仁之乱”（1467年）之后，一些五山禅僧从兼习禅儒逐渐转变为专攻儒典，表明宋学的影响在禅林中不断扩大。这也是儒学逐渐脱离禅宗日益走向独立的先兆，也是日本社会对儒学的需要日益迫切的曲折反映。