室町时代后期，日本国内的政治形势发生急剧变化，室町幕府的统治由于农民的反抗和内部的争权夺利日趋激烈而开始动摇。1467年，以山名宗全和细川胜元为首的两大武士集团因幕府将军继承人问题在京都发生武装冲突，后又波及地方，直至1477年方暂告一段落，被称为“应仁、文明之乱”。战乱中，京都遭受严重破坏，被赞颂为“花一般”的皇宫和公私邸宅、名刹古寺几乎化为灰烬，太政宫厅旧址成为农田，大学寮只剩下一块土坛，种了两棵树以代表孔庙。之后，日本战乱频仍，地方领主和武士乘机夺取主家的权力和领地，成为“战国大名”。从此，日本进入了连年混战的“战国时代”。幕府将军的权力名存实亡，日本陷入分裂割据状态。公卿、博士和禅僧为逃避战乱带来的不安与贫困，纷纷离开京都去依附地方的大名，于是儒学逐渐向地方普及。

    还有一些禅僧离开五山，到地方建禅寺，讲宋学，并以他们为中心，形成了儒学的“萨南学派”和“海南学派”，在将儒学普及于地方的过程中发挥了更大的作用。

    由禅僧桂庵玄树开创的萨南学派活动中心在九州的萨摩和肥前。1467年，41岁的桂庵随遣明使赴明，1468年在北京受到明宪宗接见，后赴苏杭一带游学约七年。他擅长汉诗文，并与明儒过从甚密，受到宋学熏陶。桂庵死后，文之玄昌成为萨南学派的中心人物，他曾接受由大陆至萨摩的明儒黄友贤的指导，学习周敦颐和二程的学说。由于萨南学派的努力，宋学在九州已成一大势力。

    海南学派的开创者为南村梅轩，活动中心是四国岛的土佐。南村梅轩重四书而轻五经，承认儒学对政治与人伦的效用，但以为禅才是根本之道，表明在地方兴起的儒学虽推重宋学，但仍未摆脱禅宗的影响。南村梅轩离开土佐后，他的弟子“南学三叟”即忍性、如渊、天室成为海南学派的中心。天室门下的谷时中成为江户时代儒学勃兴后的南学派的先驱，其弟子山崎斋后来成为著名的朱子学者。

    在儒学向地方普及的过程中，设在关东地区的足利学校也起到了重要的作用。足利学校是室町时代汉学教育的中心，到15世纪中叶也从初建时的以汉唐旧注为主的儒学教育转为宋学。学生们虽仍是禅僧，但已不再学习佛典，学校成为专攻汉学的学府。即使在室町时代后期的战乱期间，足利学校由于受到后北条氏的保护，仍有学生3000余人，来自全国各地。

    儒学向地方的普及同地方大名的积极推动也有密切的关系。在当时的日本，禅僧以其丰富的文学知识与海外见闻受到各地大名的青睐。他们能够为地方大名起草外交文书，为外交活动提供服务，地方大名也想利用禅僧们的儒学理论为其政治统治服务。一些在连年混战中势力不断扩张的大名除了与其他大名继续在战场上角逐之外，还要考虑建立可以提供足够兵员与物资的后方基地。于是，他们开始需要能为其稳定地实行政治统治提供理论依据的思想工具。这样，教导武士“若能空一念，一切皆无恼，一切皆无怖”，便可“击碎生死关头”，驱使他们驰骋战场的禅学已经无法满足这一需要，而儒学尤其是宋学则更能为他们提供现世的世俗政治规范。一些大名于是对儒学日益表现出浓厚的兴趣。

    这类大名的典型便是大内义隆。大内义隆兼为七国守护，是西国最大的大名，并掌握了与明和朝鲜的贸易大权。他曾利用地理之便遣使朝鲜，多次要求提供四书、五经的注释书，如《朱子新注五经》等。日本与明朝交通频繁时，大内义隆不仅输入汉籍，还曾将纸张运往明，委托明人印书送回。1547年，大内义隆曾制定法令，规定赴明的日本人不得与明人谈论访明的宗旨与日本国内政情，但有关医学与儒学的交谈不在限制之列，其意即在鼓励与明人进行有关儒学的交流。大内义隆还延请京学博士公卿派的名儒和有名的禅僧来讲演，以重金为代价抄写他们珍藏的儒书。萨南学派的桂庵和海南学派的南村梅轩都曾在其境内讲学或供职。

    一些大名在制定家法和地方行政法令时，也汲取了儒家的精神。这样，虽然模仿唐代律令建立于国家土地所有制和天皇中央集权制基础上的律令制法律体系丧失了其影响力，但由镰仓幕府制定的成文法典《贞永式目》也同样渗透着儒家思想。

位于日本长崎的孔庙。

    《贞永式目》的主要制定者是镰仓幕府第三代执权北条泰时（1183—1242）。据史书记载，北条泰时曾向明惠上人请教应如何治理天下，明惠上人回答说：“古人曰：未有其身正影曲，其政正国乱者。此所谓正，无欲也。”“未有其身正影曲，其政正国乱者”显然是孔子“其身正，不令而行；其身不正，虽令不从”（《论语·子路》）的“为政以德”思想的表现。而“所谓正，无欲也”则是孔子“苟子之不欲，虽赏之不窃”（《论语·颜渊》）的说法与佛教无欲思想的调和。从明惠上人那里学到儒家思想的北条泰时在制定《贞永式目》时，极力贯彻儒家的法律思想。他认为制定法律的目的是维护“忠”、“孝”等儒家式道德规范，扬善抑恶，以稳定封建社会秩序，且应简明易懂，否则就是设法网以陷人，即是儒者所反对的“不教而诛”了。

    战国时代，大名各自立法，这些分国法也不同程度地表现了儒家思想的影响，其中尤以《武田信玄家法》、《大内家壁书》、《长宗我部元亲百条》最为显著。

    武田信玄是一个文武双全的大名，曾师事五山禅僧，精通儒、佛。《武田信玄家法》分上、下两部。上部是法律性规定，下部是道德训诫，共99条，每条都在正文之下引用汉籍语句为依据。引语大多出自儒典，约有41处，尤以《论语》为最多，儒家的忠、孝等思想表露无遗。

    长宗我部是土佐地区的大名。他于政务之余，不惜重金网罗人才，指导子弟学习书法、经学、音乐、兵器、诗歌等各学科，其中尤重经学。他在城中建学校，还请南学派泰斗如渊、忍性二禅僧讲解儒学，每月都要举行六次讲座，要求本族子弟和部下武士前往听讲。

    《长宗我部元亲百条》作为一部法典，既不详备，也无体系，难免简陋之嫌，但儒家思想的影响却清晰可见。法典中有不少条目明确地规定应遵循儒家道德准则，如：“君臣僧俗，贵贱上下，均须维护仁义礼智信，不可稍违。”“武士应以君臣节、父母孝行为至上事。”“男子外出时，座头、商人、舞俑、猿乐艺人等所有男子，虽为亲属亦不得入其家。”“男子外出时，（其妻）不得外出拜神佛、参观。”这些条目崇尚儒家的五常和忠孝道德，严格男女之别，欲以法律的强制力推行儒家道德。

    另外还有一些大名虽未制定分国法，但也向家庭成员或属下武士发布过一些训诫性条文，同样体现出儒家思想的影响。它们和律令、《贞永式目》一样，都继承了法律与道德尚未分离的儒家式法律的道德化传统。

    16世纪中期，大名织田信长的势力逐渐强大起来，开始迈出统一日本的步伐。他虽是武夫，却注意在政治统治中运用儒家的政治理念。他曾邀请禅僧为他讲释《论语》，还经常在他居住的安土城召见来自京都与各地的名儒、名僧。1573年，织田信长向京都市民发布五条命令，第五条便是“尤应重视热心儒道之学而欲正国家者，或忠孝仁义者”。他死后，大德寺的古溪禅师将他比作儒家最为尊崇的商汤与周武。

    大内氏等地方大名和意欲统一日本的织田信长积极支持宋学，已是完成统一使命的江户幕府尊崇儒学的先声。在镰仓、室町时代，宋学势力虽仍居于佛教之下，未能脱离佛教而独立，但经长期流播、浸润，其影响已逐渐扩大，从而为江户时代儒学的独立与全盛准备了条件。