进入江户时代后，儒学开始摆脱对佛教禅宗的依附地位而独立发展，进入它在日本的全盛时期。藤原惺窝（1561—1619）脱离禅门转向儒学并还俗，是日本儒学走向独立的象征性事件。藤原惺窝是名门贵族藤原氏冷泉家的后裔。他七岁时即剃发，18岁时进入禅宗五山之一的相国寺为僧，像其他禅僧一样，既学禅学，又习儒学，还接触了中国的老庄思想，成为具有丰富儒学教养的名僧。然而，是什么力量促使藤原惺窝这样的名僧脱离禅宗而转向儒学呢？学者认为，这与他受到来自大陆的思想影响有关。

    1590年，朝鲜国使访问京都，藤原惺窝前往拜访，并以诗文赠答。朝鲜使节中的许箴之是朝鲜朱子学派的一员，他峻别禅儒，视藤原惺窝为“不同道者”，这使长期生活于禅儒一致习气中的藤原惺窝受到很大刺激。1596年，藤原惺窝便想渡明求学，但遇风浪未能成行。1598年，他在京都又遇到了在丰臣秀吉侵朝战争时被俘的朝鲜学者姜沆，彼此间经常进行学问交流。姜沆也是朝鲜朱子学派的学者，对佛教持明确的批判态度。当时，藤原惺窝还阅读了不少在丰臣秀吉侵朝战争期间日本人从朝鲜携回的儒学著作。于是，藤原惺窝在姜沆的协助下，开始编纂《四书五经倭训》，以日语用朱子学的观点注解“四书”、“五经”，这显然是与传统相对抗的行为，标志着藤原惺窝向儒学的转变。不久，藤原惺窝即还俗结婚，在个人生活上也脱离佛教。1600年，德川家康第二次召见藤原惺窝时，他穿着一身既非和服又非僧衣的自制儒服前往，表明自己已与禅宗分离而归属儒学。像藤原惺窝这样的有名禅僧脱禅入儒，在当时的影响非同小可，标志着日本思想界新时代的到来。藤原惺窝不仅脱离禅学，还明确表示自己区别于博士家的新旧注折衷的儒学。这也是日本儒学独立的表现，从此日本儒学摆脱了对宫廷的依附，向社会开放，日本社会中也出现了既非禅僧、又非博士公卿家，而以儒学为业的儒者。

    宋学有朱熹的客观唯心主义与陆九渊的主观唯心主义之区别，也有张载认为由极细微的原始物质“气”构成世界的气本体论唯物主义与朱、陆唯心主义的区别。在藤原惺窝生活的时代，发挥了陆学的明代阳明学说也已传入日本。对于宋学诸流派，藤原惺窝的思想主要是倾向于朱子学的。

    他和朱熹一样，把“理”说成是先于物质存在并产生万物的客观精神本体，持所谓理本体论。他还像朱熹一样，用“理一分殊”的理论去说明封建等级结构的合理性，并注意防止可能从“理一”得出平等原理的危险。他认为，如果只讲“理一”而不强调“分殊”，就会“入于理一”，流于释墨。但是，藤原惺窝对于朱子学的兴趣似乎不在于它的本体论，而在于其伦理学，因而较少论及理气关系，对于“理”也往往将其解释为伦理道德性质的“道理”或“义理”。

    由于藤原惺窝企图使儒学摆脱对于佛教的从属地位，因而，尽管他倾向于朱子学，但并不排斥陆王学，也不忽视旧儒学汉唐训解的作用。他重视儒学各流派的共同性，是为了更明确地将儒学与佛教区别开来，加强儒学的独立地位。藤原惺窝在使日本儒学摆脱佛教束缚、确立为建筑于人类理性之上的独立学说的进程中发挥了积极作用。藤原惺窝门下后来培养出一大批著名儒者，如林罗山、松永尺五、堀杏庵、那波活所等，因而被视为江户时代独立的儒学流派的开创者。

    在藤原惺窝之后，林罗山（1583—1657）继续致力于儒学的独立，并努力使朱子学官学化。林罗山出身于武士家庭，13岁即进入京都五山之一的建仁寺作“稚儿”（非正式僧侣，以读书、学习作诗、接受教育为主要任务），虽未学禅，但读了不少儒书。由于其才能过人，诸僧均劝其出家，但他却以儒家“孝”的思想为根据表示拒绝，说“身体发肤不可毁伤，孝也。且无子孙，亦为不孝”。以后便不辞而别，离开建仁寺回家。在涉猎群书时，悟到群书所本皆在于“五经”，于是更专心于儒学经典。1600年林罗山18岁时，读到朱熹的《四书集注》，从此倾心于朱子学，并集中火力批判佛教。他力图从朱子学的角度解决江户时代武士阶级面临的诸多问题，从而使藤原惺窝时期尚停留于修身齐家范围的宋学，提高到作为治国平天下思想武器的高度。此外，日本是一个理性思维比较后进的国家，林罗山把中国思辨哲学达到新高度的朱子学推广开来，对提高日本民族的理性思维水平也发挥了有益的作用。

    林罗山在1607年23岁时经藤原惺窝介绍，谒见了将军德川家康，并由此仕官一生，历仕四代将军，这表明林罗山信奉的朱子学已受到江户幕府统治者的尊崇。以后，林罗山的儿子鹅峰和耕读斋也相继被任命为幕府儒官。林罗山死后，江户幕府第五代将军德川纲吉建昌平坂学问所（以后成为幕府直辖学校），任命林罗山的孙子林凤冈为大学头，即为日本教育事业的最高负责人。从此林家便世袭此职。当时日本的地方教育也大多被朱子学者控制。据日本学者统计，自1630年至1871年，在各藩藩校担任教授的1912人中，属于朱子学派的有1388人，居绝大多数，而直接出自林家学塾和昌平坂学问所的就有541人。由此亦可见朱子学是江户时代居于统治地位的意识形态。

    日本儒学得以独立和朱子学受到尊崇，不仅是藤原惺窝和林罗山等儒者个人思辨与努力的结果，也不仅是由于江户幕府将军德川家康等人的好学，实际上主要是日本社会历史发展的需要，尤其是幕藩体制统治者的需要。

    江户幕府的创立者德川家康，趁其主君丰臣秀吉尸骨未寒，即消灭其寡妻弱子，夺取丰臣秀吉武力统一日本的成果，登上日本最高统治者的宝座。1615年，他又迫使天皇完全脱离政治，给天皇的领地仅相当于最小的大名。依照旧的武士道德，德川家康消灭丰臣秀吉的寡妻弱子是背逆主君的不义之举。这样，如何说明德川家康建立新武士政权江户幕府的正当性，如何说明闲置天皇权力的合理性，便成为江户幕府面临的思想课题。

    伪托作者是藤原惺窝或幕府创业功臣本多正信的《本佐录》，试图以儒学的天道观解决这一课题。《本佐录》认为德川家康并非凭借武力取得天下，而是“天”所选择的“可治天下的有器量的人”，是“天”让德川家康成为“日本的主人”的。天皇虽仍保有来自天照大神的作为神之直系后裔的宗教权威，但来自“天”的世俗政治权力却已归于德川家康及其后代。由于这是“天”的选择，不仅德川家康消灭其主君遗孤应属正当，而且剥夺天皇的政治权力也被视为合理。

    然而，儒学的“天道”观对德川氏来说却是一柄双刃剑。德川家康及其支持者固然可以利用它去消灭自己原来的主君，而德川家康的臣属也有可能以“天”作为后盾反叛乃至消灭他。因而德川家康又面临着整顿为战国时代的“下克上”风潮所倾覆的封建秩序的任务，以便防止“下克上”现象的继续出现。在思想意识形态领域，仅靠儒学的天命观，不足以适应当时的新形势，江户幕府的统治者迫切需要一种肯定现世秩序，有利于武士阶级政治统治的现世本位、武士本位的御用思想。在当时的日本思想界，具有影响力的，有佛教、耶稣教，有儒学中的朱子学和阳明学，还有神道。最为符合江户幕府统治者需要的，莫过于朱子学。

    朱子学以富于思辨性的精致理论形态论证了现世封建秩序的合理性。林罗山也像朱熹一样，把君臣父子的上下尊卑关系说成是“鸢飞鱼跃”那样的“天地道理”。他还更明确地把幕府制定的种种礼仪法度说成是“上下定分之理”的外在表现，也赋予其不可变易的必然性，让人们严格遵守。林罗山的说教千言万语，一句话就是让人们恪守现存秩序，如此才是“存天理”。林罗山尽力使自己的理论符合维护封建秩序的现实需要；江户幕府的统治者也尊崇朱子学，将林家朱子学置于准官学的地位，决非偶然。

    17世纪中期以后，儒学在武士阶级中间逐渐传播开来。但在林罗山死后，朱子学派却开始沿着两个不同的方向发生分化。其中一派浓化了朱子学的唯心主义色彩，更加强调其封建伦理学侧面，并进一步密切了与神道的同盟关系。另一派则强调朱子学的合理内容，表现了对自然科学和“经世致用”学问的兴趣，逐渐接近唯物主义。朱子学这种合理性思维方式的传播，推动了日本人合理主义思维的发展。尤其是重视向外“格物”、“穷理”的那一派朱子学者，他们更多地将“理”解释为事物的规律性，因而就有可能以“理”这一范畴作为媒介，承认西方自然科学的合理性，并接受西方自然科学。也就是说，朱子学合理主义思想在日本的传播，为日本接受近代西方自然科学奠定了基础。假使没有朱子学合理主义的传播，日本人照旧沉溺于佛教的信仰主义，那么很难设想日本人在明治维新前后能迅速地吸收西方的近代科学技术。后来随着日本的社会现实和经验科学的发展，儒学思辨的自我完善已无法把握处于瓦解过程中的日本封建社会和发展了的经验科学，日本儒学开始失去思想和理论的创造力，逐渐走向衰落。

    但是，日本社会受儒学的影响是非常广泛而深远的。美国著名学者赖肖尔在《日本人》一书中指出：“当代的日本人，显然已经不再是德川时代他们祖先那种意义上的孔孟之徒了，但是他们身上仍然渗透着儒教的价值观和伦理观，儒教或许比任何其他传统哲学或宗教对他们的影响都大。”日本近代著名学者和企业家涩泽荣一（1840—1931）创造性地提出论语加算盘的理论。他解释《论语》中的“富与贵，人之所欲也，不以其道得之，不义也”时提出，人们为国家富强谋求富贵，就是利和义的统一。他在孔子“己欲立而立人，己欲达而达人”之后，又加上“己欲富而富人”一句，成为义利合一经营思想的集中概括，从而赋予孔子思想以新的活力。他因此成功地创建了现代企业，被称为日本近代资本主义之父。儒学在日本现代化进程中确实发挥了应有的作用。

    20世纪七八十年代，日本学者宫崎思定的《论语新研究——职业训练最适用的书》和山本七平的《论语读法》等纷纷成为畅销书。《论语读法》在出版三个月内即售出22万本，读者多为企业家和企业职工。有一位日本学者指出：“2500年前的话，通用于今天的日本，使日本从学西方的先进国家，一变而为超越西方国家。尤其可贵的是：日本能避免西方国家的文明病，社会安定，政治清明，都超出世界水准，这些都是儒学之赐。”

    明治维新以后，日本学者有所谓脱亚入欧的口号。现在，又有人提出脱欧入亚，以东方文化、孔孟思想来解决日本物质文明与精神文明的矛盾，来解决西方国家所解决不了的各种社会问题。