六天之后，即十二月二十六日（754年1月23日），鉴真一行由日本僧人延庆引入边防太宰府（今九州福冈东南），受到了盛大的欢迎。副使大伴古麻吕于日本天平胜宝六年（唐天宝十三年，754年）正月，将第二船安全回国以及唐土高僧鉴真同船到达日本的情况上奏圣武太上皇。

    鉴真等离开太宰府后，继续登船北行，于二月初一到达难波（今大阪府），受到早先到日本的中国僧人崇道等的迎接。两天后离开难波，进入河内国府（今奈良县地）。在河内国府，大纳言藤原仲麻吕代表日本朝廷出面迎接慰问鉴真一行。鉴真等在河内国府小憩了两天，接待了许多日本官员和僧众，而后向京城奈良进发。他们来到奈良罗城门外时，作为孝谦天皇代表的正四位下安宿王已经在那里迎候。

    隆重的欢迎仪式举行之后，在安宿王的引导下，鉴真一行被引入东大寺，受到天皇朝廷的公卿武士和僧人的出迎。东大寺是一所规模宏大的官寺，鉴真入住后，天皇朝廷的显赫人物、皇族中的权贵纷纷前来礼拜。

    三月的一天，天皇传旨鉴真在日本授戒传律，很快又敕授鉴真、思托、法进、普照、延庆、昙静、法载、义净等人“传灯大法师位”。除了普照，其余都是这次随鉴真一道东渡日本的中国高僧。

    四月初五，圣武太上皇亲临东大寺，请鉴真授戒。太上皇受戒之后，皇太后、孝谦天皇、皇太子和文武百臣也请鉴真为他们授了菩萨戒。他随后又为400多名僧众授了戒。鉴真成了日本家喻户晓的大唐圣僧。

    随着前来请求鉴真授戒的僧众与日俱增，天皇决定新建一个正规的戒坛院，专供鉴真师徒传律授戒。日本天平胜宝六年（754年，唐天宝十三年）五月初一，天皇下旨，于东大寺卢舍那佛殿西边兴建戒坛院，并请鉴真大和尚主持建造。这座戒坛院于次年九月竣工，今天还保存在日本奈良东大寺内，成为日本的一大古迹。在戒坛院的北边有一个不大的池塘，荷花满塘，异常清静，鉴真就在池畔建了一座唐禅院，后来一直居住在此。他特地做了36个牌位，将东渡过程中的36位牺牲者供奉在唐禅院内，天天诵经超度。

    日本自圣德太子以后，历代的朝廷都大力提倡佛教，利用佛教“镇护国家”。在鉴真东渡之前，佛教的各个宗派都已先后传入日本，戒律思想也是早已有之。只不过授戒既没有仪式，也没有授戒师和证师，一般都是僧侣自立佛前，宣誓遵守佛规，自己承认自己的僧侣身份，这叫“自誓受戒”。而鉴真到日本后，推行严格的、规范化的授戒方式，这就必然引起一部分习惯于“自誓受戒”的僧侣的不同看法。所以开始时，尽管天皇带头受戒，但佛教界的一些高僧仍没有登坛受戒。另外，日本政府原来是通过大僧正、大僧都、少僧都为中心的僧都僧纲制来掌管和处理僧尼有关事务的，授戒、训练和教育事宜也是由僧纲负责处理的，但多有名无实，不上正轨。如今，这两方面的权力已由天皇下诏划归鉴真负责，特别是日本僧侣不经东大寺戒坛院及其所属下寺授戒，就不能取得度牒、僧籍，不能享受免课免役特权的做法，对处于统治地位的天皇是大大有利的，而对长期把持僧纲这一行政组织的旧教团势力则无疑是个沉重的打击，严重影响了他们的威信，损害了他们的利益。因而，他们与以鉴真为中心的新教团势力之间便发生矛盾了。

    为弘扬佛法，以鉴真为首的新教团和以贤璟为首的旧教团进行了辩论。结果贤璟一方对鉴真的学识渊博佩服得五体投地，纷纷走到鉴真面前顶礼膜拜，表示愿意放弃旧戒，请大和尚重新授戒。辩论结束之后，鉴真便在东大寺戒坛院为早已等候在那里的众多僧徒授戒。随后，在佛学方面颇有造诣的日本高僧贤璟等80余人也请鉴真重授具足戒，从而化敌为友。

    五月，孝谦天皇又发下诏书，任命鉴真为大僧都，任命鉴真的随行弟子法进等人为律师。半月后，天皇又以大政官处分的方式宣布：将往日用于供奉圣武太上皇的米盐之类物品，永远转供鉴真和法荣二人。这个决定一时震惊朝野，轰动日本。法荣是一位日本和尚，精通医术，曾为圣武太上皇医治重病，因此天皇对他十分厚爱，连他出生所在郡的民众也不须再服徭役。朝廷让鉴真大和尚和这位与太上皇关系如此密切的日本和尚平起平坐，共享供奉圣武太上皇的米盐，并且将鉴真之名列于法荣之上，足见鉴真所受礼遇之高。

    鉴真来到日本后，除建立了正规的授戒制度外，在其他方面也给日本的佛教界带来了许多变化。

    鉴真等人所住的东大寺，是日本规模最大的官寺。日本众多的官寺，实际上不是供养四方僧侣的寺院，而是僧籍贵族、僧籍奴隶主的宅院。官寺有土地、奴隶，年时岁节，天皇朝廷还有封户、奴婢、布匹、稻米等种种颁赐，加上一年四季的各方施舍，收入颇丰。照理，这些财力应当用来供养僧侣和救济贫病，但这些官寺却将这些财富用来放贷，高利盘剥广大劳动人民。而且，日本的“僧尼令”对寺院也有规定，不供养外来僧侣，不供养不相识的僧侣；即使偶尔供养，也只限三天，三天之后，食宿自理。这同中国真是天壤之别。在中国，僧侣凭僧牒可以云游四方，挂单食宿，不限时日。荣睿、普照等日本僧人在中国学习，云游各地，从未交过食宿费用；鉴真数次东渡，队伍浩荡，周游各地，也无须花费。

    757年十一月，朝廷下诏，以孝谦天皇的名义，将位于备前国（今冈山县）的水田100町赐给唐禅院，供养四方来学习戒律的僧侣，并且指定这100町的收入不受东大寺统管，由鉴真亲自处理。有了固定收入，唐禅院的宗教活动也就日渐活跃。但来唐禅院学律受戒者日渐增多，百町收入也是杯水车薪，况且唐禅院寄人篱下，终非长久之计。因此鉴真想建立一所规模比唐禅院大得多的寺院，设无遮供，凡来学习修行的僧徒，免费提供食宿，以实现来日本弘扬佛法的大愿。

    鉴真的这一想法得到了圣武太上皇的支持，太上皇遂将一处亲王的旧宅赐给鉴真新造寺院。天平宝字三年（759年）八月，新寺落成，淳仁天皇颁赐敕额“唐招提寺”，孝谦太上皇亲自为佛殿书写了匾额，同时宣旨：凡出家人必须先到唐招提寺研习律学，方可自选宗派。为了解决唐招提寺的经费，朝廷又颁赐越前国（今福井县）田地62町、备前国（今冈山县）田地13町作为寺产，供养僧侣。

    佛教一传入日本，就为历代统治者所利用，从属于政治。日本佛教是官僚化的佛教，是天皇贵族的统治工具。鉴真初到日本时，他的授戒方法从根本上控制了一片混乱的僧籍，与天皇的指导思想一拍即合，也得到了天皇的支持。而鉴真想让佛教给受苦受难的广大人民带来一些精神慰藉，因而把大多数民众作为传戒弘法的对象，这种指导思想却又与天皇朝廷的指导思想大相径庭了。于是，天皇朝廷中的保守派便对鉴真日渐冷淡。

    圣武太上皇去世后，孝谦天皇禅让于淳仁天皇，鉴真也就失去了最有力的支持者，于是朝廷中少数保守势力和旧教团中的顽固派便乘机蛊惑淳仁天皇，妄图夺回已经失去的权益。

    天平宝字二年（758年，唐乾元元年）八月初一，在孝谦天皇让位时，朝廷下诏，停止鉴真大僧都的职务，令其专事讲经传律。表面上看是朝廷让他摆脱烦杂行政事务的纠缠，但其中旧教团势力的影响也是不可忽视的。不过淳仁天皇对鉴真还是颇为尊崇的。诏书同时还指明，对鉴真要恭敬供养，让他专心致志讲经传戒，诸寺僧尼欲学戒律，就要到鉴真大和尚的唐禅院去。

    天皇诏书颁发后，日本官员和僧人纷纷到东大寺唐禅院安慰鉴真，鉴真却是心地坦然、谈笑如常。他认为，只要专心致志地讲律传道，照样可以将唐国文化介绍到日本民众之中。

    761年，鉴真又启奏朝廷，在下野药师寺新建了戒坛，同时又建筑紫观音寺，形成东西两戒坛。此后，无论何人，若不受戒于东大寺和下野药师寺、筑紫观音寺，便不得成为正式僧侣。唐招提寺成为日本第一个向外来僧侣提供食宿的寺院。一年四季，四方佛徒聚集于寺中。凡来唐招提寺学习的僧徒，除学律、受戒外，鉴真还向他们传授医药知识、建筑造像艺术，让他们抄写经书、学习汉语。唐招提寺成为一所传授中国多种文化知识的学校，学人之多盛极一时。鉴真的弟子学成后，便成为一方讲授律学的名僧，可谓桃李满天下。唐招提寺也随之名声远扬，与奈良当时著名的官寺东大寺、兴福寺、大安寺相提并论，成为日本僧侣向往之地。唐招提寺的做法，把封闭的、局限于上层统治阶级工具的佛教，逐渐改变为开放的、面向广大劳动人民的宗教，这在日本佛教的发展史上是一种重大改革，产生了深远的影响。

    鉴真东渡日本，带来了抄写的各种经疏达30多种、500余卷（部），其中不少就是鉴真游学长安时直接从唐僧玄奘的译经传抄的，大大地丰富了日本佛教的经藏和传播。特别是自鉴真带去新译的《华严经》80卷，日本才开始有《华严经》传入。此外，日本的大量经典都是从中国传抄过来的。唐僧玄奘之前，佛经均为口授译出。口授译经本身质量就不高，传抄过程中又常常出现讹误。玄奘带回原经，并在译经场组织翻译，译经质量无疑大大提高。日本朝廷得知鉴真“博涉经论，尤精戒律”，便将校正一切经典的重任委托给他。双目失明的鉴真凭他惊人的记忆力，校正了当时日本佛经传写中所发生的讹误，其影响之大是不言而喻的。

    鉴真的律学造诣极为精深，东渡日本之后，不但自己广泛讲授律学经疏，他的弟子思托等人也经常为日本僧人讲授戒律。鉴真还反复为通晓汉语的日僧忍基等人讲授律宗经典，培养了一批律学师资，后来他们都在各地寺院进行传律活动，大大树立了戒律的尊严，奠定了日本律宗的基础，改变了日本佛教的面貌。鉴真也成为日本佛教律宗的开山祖，被奉为“扶桑律宗太祖”。

    鉴真除精于律宗外，对于天台宗的经论教义也是作过相当研究的。他曾随弘景大师学习过天台宗经义，在带到日本的经疏中，便有天台宗经论数十卷。他在日本除宣扬律宗教义之外，也开讲天台三大部。日本天台宗的独成宗派始于传教大师最澄，而最澄曾在鉴真的弟子法进门下学习过。因此，鉴真又被誉为日本天台宗的先驱者。