当西方人蜂拥而至，在东方建立商馆和殖民地的时候，在中国的东南沿海，也有大量民众不顾官方严厉的海禁政策，远渡重洋，奔向东南亚、日本等地，从事贸易、商贩、垦殖、矿冶等生计，在不少地区形成华人聚居的村社。明清鼎革之际，大批不愿接受满清统治的民众更是纷纷涌向东南亚各国。其后，大量为生计所迫的贫民和力图追求更多财富的客商的海外迁移活动贯穿了整个清时期。
（一）安南
安南（今越南）与中国两广地区山水相连，双边关系历来十分密切。明中叶安南特辟云屯州为各国商人贸易之所，粤闽等地商人驾驶名为“大眼鸡”的巨型帆船，依季候风往来中越之间，“若秋风久泊，过秋到冬，谓之留冬，亦曰押冬。”101
16世纪末，安南分裂成南北对立的两个政权，北部为郑氏，南部为阮氏。郑府辟交州城东南的宪为对外互市商埠。广府、潮州、客家、海南和福建商民在该地经营中药、布料、香料、蜂蜜、丝及丝织品等生意，基本上操纵了宪的商业贸易，直到18世纪30年代宪衰落为止。
阮府建都顺化（今越南平治天省省会顺化），允许外商在会安贸易。会安很快发展成一座国际性贸易口岸，当地有古碑称：“四方百货，无远不至。”由于生意兴隆，客居既繁，中国的各地商人纷纷在当地建立会馆，有福建会馆、广肇会馆、海南会馆、潮州会馆和中华会馆。
清朝初年，大批明郑或南明人士不愿接受满清统治，也纷纷移居越南，其中在南圻最多，中圻也不少。余缙《属国效顺疏》提到，广南国自明季以来“士民流寓彼境者以亿万计”。102 明朝广东省镇守龙门水陆等处地方总兵官杨彦迪、副将黄进，镇守高雷廉等处地方总兵官陈胜才、副将陈安平和雷州海康人鄚玖率部先后进入越南，分别定居美湫（今越南前江省会美市）、同耐（今属越南同奈省）和河仙（HaTien）。
鄚玖在河仙地区大力发展势力，招流民于富国、陇棋、芹渤、奉贪、沥架、哥毛等处，立七村社。玖曾旅行菲律宾及巴达维亚，向欧洲人学习施政方策及自强自卫之方法，招徕海外诸国的客商，来自中国、越南北部、暹罗等地的船舶从四面八方荟集于此。河仙成为人烟辐辏、“华夷杂处”、经济繁荣的国际性港埠，安南人曾有“桅帆多得不可胜数”的记载，号称“小广州”。
鄚玖去世后，他的儿子鄚天赐继位，周旋于越南阮朝、高棉和暹罗之间，河仙地区成为18世纪中南半岛举足轻重的华侨王国，有“港口国”之称。后来他向阮主朝贡，成为广南的附属。天锡在河仙建起规模宏伟的府城，创设“招英阁”，聘请号称“十八英”的十八位儒士，以文治国，传播中华文化。1776年，氏还把基督教百多禄主教请到河仙传播新教。河仙地区社会经济有了长足进步，柬人、华人、马来人、占人都在那里定居，出现了禄治、顺安、阳和、平治等许多村庄。
鄚氏父子为越南开发与社会进步作出重要贡献，受到越南民众特别是华侨的广泛推崇。今天越南河仙有玖庙、玖墓，堤岸有玖街；每逢农历十二月十二日玖诞辰，十二月二十四氏逝世日，越南各地都有大规模的祭祀缅怀活动。阮府采取“广招流民”政策，对外国流民给予定居、经商等方便，设立特殊的华人村社——明香社。1700年阮主在南越开置嘉定府，把清朝商人、明香社居民全部编入户籍。19世纪初，嘉隆帝统一越南，在三圻普遍设立明香社。1827年，阮主将各地客社庄铺称为“明香”者俱改为“明乡”。
（二）暹罗
明朝初年，就陆续有华人迁移到暹罗。16世纪中叶以后，暹罗首都阿瑜陀耶出现华人聚居的“奶街”，居住在这一区域的小商贩和从事造船、铸铁、制糖的手工业者，几乎全是华侨。17世纪，中国人在暹罗的主要侨居地除首都阿瑜陀耶外，还有北览波、万佛岁、北柳、柴真、万岑、那坤是贪玛叻（六坤）、北大年和普吉岛等地。
立于泰国皇宫外的中国船只压舱石像。
这种石像当时被放在船舱底部作为平衡，
常常也在贸易港口售出。
华人在暹罗的海外贸易中扮演代理人角色。1639年，暹罗国王委到海外贸易的代办官员、仓库员和会计员全为华人。
1767年祖籍广东潮州澄海的华人披耶达信（郑信）建立了泰国史上的吞武里王朝（1767－1782）。吞武里王朝对外采取开放态度，招徕外商，与清朝建立良好的关系。大批中国商人运载丝货、瓷器及其他货物来到暹罗，出售后运回大米和各种土产，许多贫民搭乘商船，充当水手、车夫、搬运工等，其中不少留居暹罗。
曼谷王朝（1782年至今）建立后，与清朝保持着友好关系。中国南方沿海大批农民迁移到暹罗，其中以潮州人为多。1820－1850年，前往暹罗的华人每年有1.5万人。每一艘从中国返回暹罗的船只，都载有中国移民。拉玛二世（1809－1824年在位）末期，暹罗的华人有44万，到拉玛三世（1824－1851年在位）末期，华人人口达到110万。19世纪30年代，曼谷有居民40万，其中华人占一半，有20万。
当时暹罗社会划分为国王、僧侣和贵族官僚、乃（奶）、派（依附民）、奴隶等阶层。“奶”为泰语N a i的音译，意为自由民。华人为自由民，属“奶”阶层，不需要承担徭役。他们从事商业、农耕、开矿等，为暹罗社会经济发展作出积极贡献。
（三）北大年
北大年（Patani），又称大坭（Tani）、佛打泥，在马来半岛东岸，即今天的吉打（Kedah）。1511年葡萄牙人占领马六甲后，垄断海峡贸易，苛政暴敛，华商受到排挤，相率转移到北大年。漳州人张某为那督（Dato），在当地经济有相当大的影响。
16世纪中叶，北大年号称“中国海盗逋逃偷安之所。”广东海盗何亚八、郑宗兴、林道乾等都曾流寓北大年。林道乾聚集广东、福建流民2000余人，从事海上走私与贸易，北大年女王招其为婿，招纳华人为大臣，鼓励华人移殖，使北大年成为华人居留最多的地区之一。103
明清易代之后，沿海不少商民迁居北大年。据载吉兰丹波赖村全村村民都是三百多年前集体入居的华人后裔，他们现在讲的还是汉语客家方言。
（四）马六甲
1511年，葡萄牙人占据马六甲，实施自治，设立“甲必丹”（Captain）管理各侨居民族，其中摩尔人、欣都人、爪哇人各设甲必丹1人，包括中国人在内的其他各族共设甲必丹1人。1641年，马六甲华侨有三四百人。16世纪初，满剌加设有4个沙班达尔（Shahbandar），即港务总管，由中国人、爪哇人、束巴亚人及孟加拉人各一人担任。沙班达尔的职责是接待帆船船主，给他们分配货栈，发送货物，安排宿舍和预定大象作为运输工具，并征收港口税。由华人担任的沙班达尔则负责管理来自中国和印度支那的商船。据历史记载，满剌加（即马六甲）第二代国王曾娶中国甲必丹之女为妻，说明华侨在马六甲占据较高地位。104
日里（今印度尼西亚苏门答腊岛北部）华人首领的公馆
（五） 印度尼西亚群岛
唐宋以后，不断有华人在印度尼西亚群岛定居。明朝初年，有很多广东、福建等地民众迁到满者伯夷王朝（Majapahit）统治下的三佛齐旧港，并在这里定居。广东人陈祖义和梁道明举家迁居旧港，都成为当地很有势力的华人领袖，依附他们的闽广军民多达数千人。当时很多广东富商住在那里，其中有些已改信了伊斯兰教。当荷兰人来到爪哇时，万丹（Bantan）、北加浪岸（Bekalongan）、厨闽（Tuban，即杜板）、锦石（Gresik，即革昔儿）等港口“都以中国人住区而闻名”。16世纪末，万丹华侨人口有三四千之多；他们聚居的社区称为“唐人街”(China Town)。
荷属东印度的“中华学堂”
中国帆船在巴达维亚外港停泊
1619年巴达维亚城建立后，不少华人迁居到这里。荷兰人委任华人首领即所谓的“甲必丹”和“雷珍兰”(Luitenant)，实行民族自治。1640年，巴城当局设立了被称为“武直迷”(boedelmeeters)的公益慈善机构，负责经营华人遗产，将收益用于支付华人医院和孤儿院。华人的私有财产受到保护，资本积累受到鼓励，一个富裕的华人中产阶层随即出现。
巴达维亚华人经营各种行业，在农村还种植甘蔗，开设糖厂。1690年，华人人口的增长引起荷兰殖民当局的担忧，开始对中国人的移入实行严厉控制。18世纪20年代，巴达维亚蔗糖种植业日趋萧条，不少华工失业。1740年10月，巴城郊区华人劳工起义，遭到荷兰殖民当局的镇压，很多华人在这次镇压中不幸遇害。105
18世纪70年代，大批来自广东嘉应州（今广东梅州）的客家人进入婆罗洲，以“公司”形式组织采矿与种养。19世纪后半叶，大批契约华工涌进荷属东印度，从事商业、采矿和农业，对南洋经济开发作出了重要贡献。
（六）菲律宾群岛
西班牙人占领菲律宾群岛后，采取鼓励中国商民前往马尼拉贸易的政策。中国商人运载各种商品到菲律宾，由当地商人分销，再运回金银和其他外国产品。由于到菲律宾的华人主要是做生意，西班牙人称他们为sangley（闽南方言，意为“生理”或“商旅”）。
“中华会馆”董事会
1570年马尼拉有华侨40人，1572年前后增加到150人，1588年猛增至1万余人。西班牙人在菲律宾的人数远不如华人多，西班牙当局逐渐把华人看成威胁其在菲律宾统治的不利因素，对华侨采取限制隔离政策，规定在马尼拉定居人数不准超过1500人。
1603年，明神宗派高等前往吕宋机宜山勘察金矿，引起西班牙人的恐慌，到处流传明朝将派军队攻占菲律宾的传言，西班牙人对马尼拉华人的防范与迫害随之加剧，激起华人反抗，事变最终发展为血腥屠杀，华人遇害者超过2万人。事件虽然平息，但繁华的马尼拉变得一片萧条，中国商船不再前来贸易，物资匮乏，各行各业都死气沉沉。有记载说，当时的马尼拉，没有粮食，没有裁缝，没有鞋匠，也没有农夫和牧人。西班牙人不得不修补与明朝的关系，争取华商复航菲岛，前往马尼拉的中国商人开始逐渐增多。1604年，居住在马尼拉城内西班牙人家中的华侨又达到4000多人。1621年，马尼拉持有居留证的华侨达1.6万多人，马尼拉城及其附近地区的华侨总数估计超过了2.2万人。
1635年，全菲华侨有3万多人。1644年菲律宾检察官在《关于华人许可证的报告》中提到：1638年和1639年，有2.5万－3万华人领有许可证，加上无证居留者，数字将达到三四万。1639年，西班牙殖民当局发动第二次屠杀华侨事件，菲律宾华侨遇难人数在2.2万－2.4万人之间。106
（七）日本
明初，日本海盗（亦称“倭寇”）不时骚扰中国东部沿海，后被发现与明朝内廷还有关联，明政府因此长期禁止日本人到中国贸易。嘉靖时期（1522－1566），倭寇猖獗，明朝因此推行严厉的海禁政策，禁止中日间任何形式的贸易。然而，因为对日本的贸易有厚利可图，走私始终无法禁绝。
1542年，在中国沿海活跃多时的葡萄牙人抵达日本，开始了葡日间的直接贸易，起初在平户，后移泊横濑浦和福田浦。1558－1569年，深水良港长崎开始成为日本对外贸易的固定商埠，并与澳门形成经常性贸易联系。
澳门—长崎贸易吸引大批华商贩运生丝、陶瓷、药材、铅、硝石等货物到日本出售，获取厚利。万历年间（1573－1619）在长崎的明商不下两三千人，全日本约有两三万人。1594年，明朝官方调查资料显示，日本66州皆有中国商民。
17世纪20年代，旅日南京、漳州、福州商人分别在长崎建立起具有地域性质的佛教寺院—唐三寺，聘请中国僧人担任主持。所谓唐三寺，就是兴福寺（南京寺）、福济寺（漳州寺）和崇福寺（福州寺）。在日华人也形成了四个地方性派别：三江帮、漳泉帮、福州帮和广州帮。107
1659年，名士朱舜水东渡日本，在长崎、江户度过后半生。他帮助水户藩藩主德川光国弘扬学术，兴办教育，编修《大日本史》，提倡“尊王”，形成很有影响的“水户学派”。
