16 世纪葡萄牙和西班牙的海外扩张与天主教会的传播是密不可分的。葡萄牙、西班牙的全球性商业殖民推动了天主教在东方的传播，后来荷兰、英国等国向东方的扩张，也带动了新教的东传。海上丝路的发展，不仅成为改变东西方历史进程的重要力量，也大大推动了西方宗教的传播。从遥远的美洲大陆和非洲丛林，到东方的热带雨林，都有传教士的身影。
最早到中国传教的是耶稣会，他们跟随葡萄牙人不断试探进入中国的路径。1552年，耶稣会创始人之一方济各·沙勿略（FranciscnsXavier）从日本乘船来到上川岛，准备到广东传教，但很快病逝并葬于岛上。1555年，在广东浪白澳的葡萄牙人有400多，其中有耶稣会神父5人，建有一座教堂。到1562年，澳门已有教徒600多人，建有3座小教堂：疯王堂（望德圣母堂）、花王堂（圣安多尼堂）、风顺堂（圣老楞佐堂）。
当时，耶稣会的传教仅限于澳门一地，但明朝官方有时也允许他们到广州作短暂停留。1577年5月，著名传教士罗明坚(MichealRuggieri)、利玛窦(Matteo Ricci)等4人被派往印度果阿传教，1578年来到澳门，在澳门学习汉语，并了解中国的礼俗、民情。1580年12月罗明坚随葡商来到广州。由于他会讲汉语，与中国官员见面时举止得当，官府对他颇有好感。两广总督陈瑞准许他在肇庆东关天宁寺长住，条件是要改穿中国服装，做中国皇帝的子民。
1583年9月，在新任两广总督郭应聘的允准和肇庆知府王泮的支持下，罗明坚、利玛窦在肇庆城外江边建成中国内地第一座天主教教堂。1588年，罗明坚因公务回欧洲，利玛窦接替了他在肇庆的传教事业。
利玛窦，字西泰。1552年10月6日生于意大利安科纳省马切拉塔一个望族家庭。父亲是个医生，曾任教宗国市长和省长。利玛窦自幼在耶稣会办的学校接受教育，16岁到罗马学院攻读法律，加入“圣母会”。1571年加入耶稣会，立志到东方传教，精通数学、天文、地理、历法。
利玛窦来到中国后，虚心学习中国文化，了解民风民情。他认为，中国人深信他们比外国人优越，不可能直截了当被改变信仰，而必须对基督教神学作一些变通，适应中国的思想，承认中国的敬天敬祖习惯，以孔子学说比附天主教教义，利用儒家权威宣传天主教。同时，介绍西方科学成就，运用“知识传教法”，改变中国人轻视欧洲的态度。
1589年，利玛窦移居韶州（今广东韶关），接受儒生瞿太素的建议，穿儒服，戴儒冠，以学者形象宣传知识与宗教。后北上南昌、南京，1601年初到达北京，得到明朝万历皇帝（1573－1619年在位）的赏识，留居北京，直到1610年逝世。
利玛窦在中国传教28年，结交了一批达官贵人，为天主教传播奠定了很好的基础。他先后撰写和翻译了19种天文、地理、数学、语言、美术、音乐等方面的著作，对西方科学文化的东传作出了重要贡献。
这一时期，天主教其他教派也相继向中国派遣传教士。
1574年奥古斯丁会拉达使团前往福建，但未能达到传教的目的。
1578年，方济各会在澳门建立了天神之后圣母会院。同年，奥法罗使团在广州也碰到官方的软钉子，没有实现使命。直到1632年，方济各会教士才开始在福建传教。108
1587年，多明我会在澳门建立了传教基地，1632年又有教士到福建传教。天主教在中国传播不断取得进展，耶稣会士的足迹遍及除云贵高原之外的中国各省，教徒人数逐年增加。1642年，中国内地教徒达到15万。澳门成为远东福音传播的中心。1614年，日本村上天皇下谕旨斥逐欧洲传教士，旅日传教士因此多滞留于澳门。罗马教会派往安南的教士，也先至澳门，在耶稣会所设立的学校里接受培训。1626年，安南北圻传教团设立。1630年前后，越南有7000人皈依了基督教。1640年，阮氏统治地区有基督徒3.9万名，而郑氏统治地区则达到8.2万人。
明清交替之际，有很多传教士追随南明政权。瞿纱微（AndreasXavier, 1603－1652）、卜弥格（Michael Boym, 1612－1659）皆受永历皇帝（1647－1661年在位）官爵。1648年，南明太后、皇后、太子及嫔妃50人、朝臣40人、太监多人受洗入教。永历帝遣使前往耶稣会教堂请行谢恩弥撒。1650年，南明皇太后命卜弥格为特使，出使罗马，朝见教皇。
1625－1650年间的中国青花瓷罐，
上有基督教图案，
反映了基督教在中国的存在和影响。
入清以后，著名德国传教士汤若望（Johann Adam Schall von Bell,1591－1666）深受顺治皇帝的宠用，被授予钦天监监正职位，顺治尊称他为“玛法”（满语“亲爱的神父”）。汤若望的弟子比利时人南怀仁（Ferdinand Verbiest，1623 －1688）继任钦天监。他们主持修订历法，制造天文仪器，督制西洋大炮等，深得康熙赏识。康熙皇帝对西方科学产生浓厚兴趣，请南怀仁等传教士讲授西方数学、测量、地理、医学、音乐、拉丁文等知识。传教士和朝廷的密切关系，扩大了天主教在华的传播。
汤若望
清代天主教各派在华的传播都有较大的进展。耶稣会教徒达到24万余人，每年平均有30多名传教士在中国各地活动。18世纪初，方济各会在广东、江西、江浙、南京、安庆都开辟了传教基地，仅在山东一省，教徒就多达6900人。1707年，多明我会开始在福建传教。1683年，法国外方传教会开始来华传教，在福建、四川、云南、贵州等省建立传教区。17世纪末，遣使会受罗马教廷传信部（又称海外传教部）派遣，在北京建立教区，后来发展到四川。1773年，教皇解散耶稣会，遣使会接替耶稣会在华传教工作，成为天主教在华的重要派别。
17世纪初，新教传教士开始前往亚洲。荷兰人占据台湾后，不时有传教士从巴达维亚来到台湾，到1662年郑成功收复台湾时，全台有新教传教士37名，教徒1000余人。不过，由于英、荷等经过宗教改革的国家对华贸易一直没什么进展，对新教也没多少实质性支持，加上清朝长期限制洋教发展，压制华人信教，以及天主教各派的联合抵制，新教在中国的传播并不顺利。
1807年，英国伦敦会教士马礼逊（Robert Morrison，1782－1834）受命前往中国传教，9月7日到达广州，居住在商馆里。马礼逊穿汉服，蓄长辫，吃中餐，学习中国语言与文化。1809年，马礼逊到英国东印度公司当翻译，想合法居留中国。1814年7月16日，广东人蔡高在澳门接受马礼逊的洗礼，秘密入教，这是马礼逊宣教的“第一佳果”。不久，马礼逊因出版汉译《新约》与私自收徒被东印度公司开除，幸好此时伦敦会派来的米怜（William Milne，1785－1822）牧师来到广州，两人商定把传教基地转移到马六甲，解决在广州无法开展福音传播计划的重重困难。
马礼逊和米怜在马六甲创设了印刷厂，印制大批福音及世俗方面的书籍，还创立了英华书院，创办中文月刊《察世俗每月统计传》、英文刊物《印度支那拾锦》，翻译《新约全书》、《旧约全书》，为新教在亚洲传播作出了重大贡献。1834年8月，马礼逊在广州逝世，葬于澳门基督教坟场。
1816年11月3日，广东高明人梁发（梁阿发，1789－1855）在马六甲从米怜牧师受洗。1821年，梁发回到故里，劝化其妻入教。1827年，梁发成为第一位华人牧师，以传道为业。他的《劝世良言》影响很大，花县人洪秀全受其启发，创立拜上帝会，在1851年发动了太平天国起义（1851－1864）。
鸦片战争以后，基督教凭借诸多不平等条约迅速在华传播，成为佛教和伊斯兰教之外的中国第三大宗教。
