在福建泉州九日山上，有一方元代至正十年（1350）的摩崖石刻，大书“泉南佛国”，盛赞当时泉州佛教之盛。宋元朝廷对各种外来宗教采取包容政策，泉州与沿海各港口一样，居住着为数众多的外国商客，保持各自生活习俗与宗教信仰，不仅佛教昌盛，其他宗教，如伊斯兰教、景教、摩尼教、印度教等也非常流行。

泉州“泉南佛国”摩崖石刻

泉州开元寺

    沿海各港的外国人以阿拉伯人为多，因而伊斯兰教也最为流行。广州的怀圣寺建于唐代，至宋代仍然是穆斯林进行宗教活动的场所。杭州在宋代也有了伊斯兰寺院——“真教寺”（今凤凰寺）。1009年，伊斯兰教信众在泉州涂门街建立“清净寺”。1310年，耶路撒冷人阿哈玛特重修，一直保存至今。现存的圆形穹顶、尖拱形大门，以及奉天坛的墙壁、门窗、壁龛，都体现了浓郁的阿拉伯建筑风格。这座建筑的细部却带有中国传统风格，是一座中国与阿拉伯建筑风格相结合的伊斯兰寺院。68 到元代，泉州的伊斯兰礼拜寺有六七座之多，这在中国各港口是仅见的。

    13世纪90年代初，多明我会士约翰·孟德高维奴（Monte Corvino）受教皇尼古拉二世派遣出使元朝后，基督教传播获得进展。14世纪20年代中国基督教徒已经有数千人。1313年，泉州设立了一个主教区，日辣多（Gerado）为第一任主教。1326年，泉州已有3座天主教教堂。泉州发现的宋元时期基督教墓碑、墓盖有30余方，大多用辉绿岩和白色花岗岩雕成，上有十字架等图案，而且能区分出当时泉州基督教存在聂斯脱利派（Nestorianism，即景教）和方济各派（Franciscan）。

    元代泉州也有印度教流传，属于南印度13世纪初形成的湿婆教林加派。1553年重修的《清源金氏族谱》记载，元代泉州提举市舶司蒲寿庚的花园建有“番佛寺”，这是一座印度教寺庙。近年来，泉州发现了数量多达200余方的元代印度教石刻，其内容和形式充分体现了对湿婆的崇拜。

    摩尼教是3世纪波斯人摩尼所创，唐代传入中国，9世纪40年代由中原传入福建。元代在晋江县华表山建有“草庵”，奉祀摩尼。从草庵发现宋代“明教会”瓷碗，以及“清净光明，大力智慧，无上至真，摩尼光佛”等摩崖石刻等遗迹看，宋元时期泉州草庵无疑是摩尼教活动的中心。明代以后，摩尼教在福建逐渐式微。

泉州景教徒墓碑