目前，亚欧会议已形成了如下的组织机制：首脑会议每两年举行一次，轮流在亚洲和欧洲国家举行。通常在首脑会议之前召开亚欧外长会议。自2001年起，外长会议由每两年召开一次改为每年举行一次。亚欧会议不设秘书处。所有日常联络和协调工作由来自两洲的四个协调员承担。按照惯例，四个协调员分别为欧盟轮值主席国、欧盟委员会、东北亚三国（中、日、韩）的代表和东盟的代表共四方组成。为方便联络和会议召集，各成员各自指定一个亚欧会议联络官，协调组织本国相关部门参加亚欧会议。

    亚欧会议召开之前，亚欧两方成员各自需要在一起集中讨论并形成一个相对统一的“地区立场”。亚洲方面的通常做法是由内部两个协调国家组织进行协调，通常每年举行2—3次会议。欧洲方面由于有着欧盟这个经常性的协商渠道，在协调立场方面不成问题。经过双方各自的内部协调后，在亚欧会议期间亚欧两方各自以相对较为统一的立场与对方开展对话和协商。

    根据首脑会议的共识，成员国一致同意保持亚欧会议进程的非正式性，而不将其机构化。在这种情况下，亚欧会议形成了以下合作和活动协调机制：

    1. 外长会及其下属的高官会负责亚欧会议的总体协调。外长会还负责向首脑会议报告。

    2. 亚欧会议中任何新的动议都应获得所有成员国的支持，并与首脑会议达成的基本目标和工作计划相一致。

    3. 为方便联络和会议的召集，各成员国均指定一个亚欧会议联络官。

    4. 有关新的亚欧会议后续活动的建议应呈报所有成员国，为此，新建议可以通过两洲各自的协调人散发给两洲各自的伙伴国。新建议先由高官会进行筛选后交外长会议考虑。

    5. 经济部长会议（包括贸易投资高官会）和财政部长会议是在各自领域提出和考虑任何新建议的主要渠道。他们应就亚欧会议工作计划中的相关部分提出建议，由外长会和高官会进行协调和综合。

    6. 在首脑会议筹备过程中，高官会一直发挥着重要作用。

    亚欧会议的活动通过首脑会议、外长会议、部长级会议、高官会议以及其他后续行动在多层次上进行。