2001年6月15日，中国、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦、俄罗斯和乌兹别克斯坦六国元首在中国上海签署《上海合作组织成立宣言》，宣告上海合作组织成立。

    2001年6月15日，中国、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、俄罗斯、塔吉克斯坦和乌兹别克斯坦六国元首在中国上海签署《打击恐怖主义、分裂主义和极端主义上海公约》。在上海合作组织成员国元首首次会晤期间，成员国外长批准《上海合作组织成员国家协调员理事会活动暂行条例》，成员国国防部长举行会晤并发表《联合公报》。

    2001年9月13日至14日，上海合作组织成员国总理首次会议在哈萨克斯坦阿拉木图举行。六国总理讨论了区域经贸合作，上海合作组织发展等问题，并签署《上海合作组织成员国政府间关于开展多边经济合作的基本目标和方向及启动贸易投资便利化进程的备忘录》，发表新闻公报，宣布正式建立上海合作组织框架内的总理定期会晤机制，并发表了《上海合作组织成员国政府总理第一次会晤新闻公报》。针对“9·11”事件，六国总理发表声明予以谴责，表示决心与国际社会一道，与恐怖主义作毫不妥协的斗争。

    2001年10月10日至11日，上海合作组织在吉尔吉斯斯坦比什凯克举行“比什凯克小组”紧急会议。各方就当前阿富汗及中亚地区形势、加强打击“三股势力”合作等问题进行磋商并发表《“比什凯克小组”成员声明》。

    2002年1月7日，上海合作组织成员国外长非例行会议在中国北京举行。六国外长就阿富汗局势、国际反恐斗争、打击本地区“三股势力”以及发挥上海合作组织作用等迫切问题深入交换意见，达成广泛共识。各方签署联合声明，集中阐述了六国在上述问题的共同立场和基本主张，并批准上海合作组织应急机制原则。

    2002年4月11日至12日，上海合作组织文化部长首次会晤在中国北京举行。六方共同签署并发表《文化部长联合声明》。

    2002年4月26日，六国外长例行会议在俄罗斯莫斯科举行。各方为圣彼得堡峰会进行了重要准备，并就当前国际和地区形势及加强组织建设与合作等重大迫切问题深入交换意见，达成广泛共识。会后六国外长发表了新闻公报，并共同会见记者。

    2002年4月29日至30日，上海合作组织紧急救灾部门负责人会议在俄罗斯圣彼得堡举行。各方讨论了本组织成员国在紧急救灾领域开展多边合作的具体步骤和进行紧急人道援助的立场，同意俄罗斯关于签订组织成员国紧急救灾互助协定的倡议，授权专家尽快制定协定草案，商定举行本组织成员国紧急救灾部门负责人和专家定期磋商。

    2002年5月15日，六国国防部长会晤在俄罗斯莫斯科举行。各方讨论了加强六国军事相互协作问题，同意保持和完善六国国防部长和军队总参谋部代表的定期会晤机制。

    2002年5月23日，上海合作组织成员国执法安全部门领导人例行会晤在哈萨克斯坦阿斯塔纳举行。会议签署了《关于上海合作组织地区反恐怖机构的协定（草案）的决议》，通过《上海合作组织成员国关于地区反恐怖机构的协定》（草案），建议加快制定反恐机构协定后续文件，以尽快启动反恐怖机构。

    2002年5月28日至29日，上海合作组织经贸部长首次会晤在中国上海举行。各方就六国区域经济合作和经贸部长会晤机制建设问题深入交换意见并达成共识。正式启动经贸部长会晤机制和贸易投资便利化谈判。会后签署《〈上海合作组织成员国政府间关于区域经济合作的基本目标和方向及启动贸易和投资便利化进程的备忘录〉的议定书》和《经贸部长首次会晤联合声明》。

    2002年6月7日，上海合作组织成员国元首在俄罗斯圣彼得堡举行会晤，签署了《上海合作组织宪章》、《关于地区反恐怖机构的协定》和《上海合作组织成员国元首宣言》三份重要法律、政治文件。

    2002年9月11日，上海合作组织成员国发表外长声明，阐明六国对当前反恐形势的看法及对打击“三股势力”和参与国际反恐合作的积极态度。

    2002年10月10日至11日，中国与吉尔吉斯共和国联合反恐演习在两国边境地区成功举行。这是上海合作组织框架内中吉两国首次举行的双边联合演习，也是中国军队第一次与外国军队联合举行实兵演习。

    2002年10月30日，上海合作组织成员国总检察长会议在中国上海举行。各方讨论了进一步扩大和深化六国安全合作的有效途径，并就司法合作方面共同感兴趣的问题交换了意见。

    2002年11月20日，上海合作组织交通部长第一次会议在吉尔吉斯斯坦比什凯克举行。各方讨论了在上海合作组织框架内开展交通运输合作问题，确定交通运输合作的主要方向为消除交通运输壁垒、建立和完善国际交通运输走廊、大力发展过境运输。会议正式启动上海合作组织交通部长会议机制，发表《联合声明》。

    2002年11月23日，上海合作组织成员国外长会议在俄罗斯莫斯科举行。会议批准国家协调员理事会关于下一步机制化建设工作的建议，签署《上海合作组织与其他国际组织及国家相互关系临时方案》。

    2003年4月29日，上海合作组织外长会议在哈萨克斯坦阿拉木图举行。会议就组织机制化建设、安全经济等领域合作、对外交往及共同关心的重大国际地区问题深入交换意见。会议结束时，六国外长共同签署一系列决议，通过关于规范上海合作组织各会晤机制和常设机构及组织财政预算问题的法律文件，组织会徽、会旗方案以及首任秘书长人选，决定提交5月底莫斯科峰会批准或签署。会议发表了新闻公报。

    2003年5月28日至29日，上海合作组织成员国元首第三次会晤在俄罗斯莫斯科举行。六国元首签署和批准了《上海合作组织预算编制和执行协定》、《上海合作组织元首会议条例》等多个文件，通过了首任秘书长人选和组织徽标，发表了元首宣言。其间，成员国的国防部长也举行会晤并签署备忘录。

    2003年8月8日至12日，上海合作组织成员国武装力量联合反恐演习在哈萨克斯坦东部边境地区的乌恰拉尔市举行。中、哈、吉、俄、塔五国武装力量1000余人参加演习。这是上海合作组织框架内首次举行的多边联合反恐演习。

    2003年9月1日至2日，欧安组织第二届预防和打击恐怖主义会议在葡萄牙里斯本举行。中国驻葡萄牙大使马恩汉受委托作为上海合作组织代表在会上介绍上海合作组织在预防和打击恐怖主义问题上的原则立场和所采取的具体行动。

    2003年9月3日至4日，上海合作组织国家协调员会议在乌兹别克斯坦塔什干举行，主要任务是准备即将召开的六国总理会晤、外长非例行会议，并商谈上海合作组织常设机构筹建等问题。

    2003年9月3日至4日，上海合作组织成员国总检察长会议在吉尔吉斯斯坦比什凯克举行。会议讨论了各成员国在打击“三股势力”、非法倒卖枪支、贩毒及其他危险犯罪方面进行国际司法协助，建立交换打击跨国犯罪信息的直接联系、交往机制及成立检察官培训与进修中心等问题。

    2003年9月5日，上海合作组织成员国外长非例行会议在乌兹别克斯坦塔什干举行。各方讨论了上海合作组织机制化建设、准备即将召开的六国总理会晤及国际、地区形势等问题，签署关于修改《上海合作组织宪章》、《打击恐怖主义、分裂主义和极端主义上海公约》、《上海合作组织成员国关于地区反恐怖机构的协定》的议定书，并发表联合公报。

    2003年9月5日至6日，上海合作组织成员国经贸部长第二次会议在吉尔吉斯斯坦比什凯克举行。各方就推进上海合作组织区域经济合作、准备即将举行的六国总理第二次会晤等问题广泛深入地交换了意见，通过了《上海合作组织成员国多边经贸合作纲要》，建议提交总理第二次会晤批准。

    2003年9月10日，上海合作组织成员国交通部长会议在俄罗斯圣彼得堡举行。会议研究了制订多边公路运输协定、各成员国加入《欧洲综合运输重要干线协定》及进一步完善和发展成员国间现有公路运输线等问题。

    2003年9月19日，《上海合作组织宪章》生效。

    2003年9月20日至22日，上海合作组织国家协调员会议在中国北京举行。会议主要任务是为9月23日总理会晤做最后准备，并继续商谈组织常设机构筹建问题。

    2003年9月23日，上海合作组织成员国总理会晤在中国北京举行。各方讨论了深化上海合作组织区域经济合作、加快组织机制化建设等问题，签署《关于技术性启动上海合作组织常设机构的备忘录》，批准《上海合作组织成员国多边经贸合作纲要》、上海合作组织2004年预算、《上海合作组织常设机构编内工作人员工资、补贴和保障条例》和地区反恐怖机构执委会机构设置和人员编制，发表联合公报。

    2003年10月27日至29日，上海合作组织国家协调员会议在乌兹别克斯坦塔什干举行。会议确定了秘书处和反恐怖机构执委会岗位分配方案，并为即将召开的地区反恐怖机构理事会首次会议做了准备。

    2003年10月31日，上海合作组织地区反恐怖机构理事会第一次会议在乌兹别克斯坦塔塔什干举行。会议选举吉尔吉斯斯坦代表出任反恐机构理事会首任主席，决定提名乌兹别克斯坦安全局副局长卡西莫夫担任反恐机构执委会首任主任，通过反恐机构理事会程序规则和执委会配额岗位分配方案，并就加强反恐机构组织建设、开展合作及制定2004—2006年组织合作措施计划等问题交换了意见。

    2003年12月9日至10日，上海合作组织国家协调员会议在塔吉克斯坦杜尚别举行。会议批准上海合作组织常设机构编内人员合同范本和秘书处有关人事任命。

    2004年1月12日至13日，上海合作组织国家协调员会议在中国北京举行。会议为1月15日外长非例行会议及秘书处成立仪式作了最后准备，初步讨论了6月塔什干峰会日期，研究了制定组织对外交往、法律、财务和地区反恐怖机构框架内有关文件等问题。

    2004年1月15日，上海合作组织成员国外长非例行会议在中国北京举行。会议讨论了去年莫斯科峰会以来上海合作组织发展、今年6月塔什干峰会准备工作以及国际和地区形势等问题。六国外长签署了关于批准上海合作组织副秘书长人选和提请元首会议审议地区反恐怖机构执委会下任主任人选的决议，并发表了新闻公报。

    2004年1月15日，上海合作组织秘书处在中国北京举行正式成立仪式。

    2004年3月9日至11日，上海合作组织成员国国家协调员理事会例行会议在秘书处举行。会议讨论了即将举行的莫斯科外长会议和塔什干峰会等活动的准备工作情况，审议了有关文件草案。

    2004年4月21日至22日，上海合作组织成员国国家协调员理事会会议在俄罗斯莫斯科举行。会议主要是为莫斯科六国外长会议做准备，并讨论塔什干峰会的有关问题和“上海合作组织日”的建议等文件。

    2004年4月23日，上海合作组织成员国外长会议在俄罗斯莫斯科举行。会议审议通过了塔什干峰会议题及有关文件草案，并就国际和地区形势交换了意见。会议发表了新闻公报。

2004年10月27日，由中国文化部及俄罗斯文化和大众传媒部联合主办的

中国文化节在莫斯科、圣彼得堡等俄罗斯的5个城市举办。

    2004年6月17日，上海合作组织地区反恐怖机构成立仪式在乌兹别克斯坦塔什干正式举行。

    2004年6月17日，上海合作组织成员国元首在乌兹别克斯坦塔什干举行会晤。这是上海合作组织结束初创阶段后举行的首次峰会，对规划和指导组织新时期的工作具有重要意义。六国元首签署或批准了《上海合作组织观察员地位条例》、《塔什干宣言》等文件。此次峰会邀请了阿富汗过渡政府总统卡尔扎伊和蒙古国外长额尔登楚龙（作为蒙古总统的特别代表）与会。六国元首审议了蒙方关于成为上海合作组织观察员的申请并予以批准。

    2004年9月23日，上海合作组织成员国政府总理会晤在吉尔吉斯斯坦比什凯克举行。会议讨论了进一步发展和深化上海合作组织框架内经贸、投资、交通、环保、人文及其他领域的合作问题。六国总理批准了《上海合作组织成员国多边经贸合作纲要》落实措施计划。

    2005年7月5日，上海合作组织成员国元首会晤在哈萨克斯坦阿斯塔纳举行。六个成员国元首就深化地区安全合作、经济合作等协调立场，作出具体部署，并就重大国际及地区问题交换了意见。六国元首签署了《上海合作组织成员国元首宣言》等重要文件，决定给予巴基斯坦、伊朗、印度观察员地位，决定继续采取一系列加强团结、合作反恐、发展经济的具体步骤。

    2005年10月26日，上海合作组织成员国总理会晤在俄罗斯莫斯科举行。六个成员国总理讨论了维护稳定、经贸、科技、人文等领域进一步发展和深化区域合作的问题。总理们商定将在互利和平等的原则基础上，加大发展经贸合作和改善投资环境的工作力度，强调开展油气开发和建设油气管道合作的重要性和紧迫性以及在信息与通信高技术领域开展合作的必要性。总理们指出，应加快协商《上海合作组织成员国政府关于海关合作与互助协定》草案，并在下次总理会议前签署。