六、民国时期新疆地区的伊斯兰教状况
从1911年辛亥革命爆发，到1949年的新中国建立，新疆经历了杨增新、金树仁、盛世才和国民党直接统治的四个时期。
杨增新生于穆斯林聚居的云南蒙自县，清代进士。辛亥革命后，被袁世凯任命为新疆都督，后改任省主席。杨增新的官宦之途多在穆斯林聚居的甘肃河州和新疆度过，对中国伊斯兰教教派、教义等曾作过一些研究，在对待伊斯兰教的政策上，他没有过分地压制新疆穆斯林，以免遭到多数民族的反对，以及有可能引起的中亚信仰同一宗教民众的联合反对，而是采取了“羁糜”和“牵制”的两手政策，即利用伊斯兰教来抚绥广大穆斯林群众；利用民族间的矛盾，相互掣肘，使各民族无法在宗教的旗帜下联合起来。
建于元代的河北定州清真寺
杨增新积极争取新疆伊斯兰教上层人士对其统治的支持，优待拉拢维吾尔等族王公贵族及其上层人士，利用他们来羁糜安抚各族穆斯林。如他对清政府在新疆各少数民族中册封的大量王公贵族，不仅全部承认其封号和爵位，还报请北洋政府重新册封，普遍给他们晋爵，并保留其封建特权，以作为自己的统治基础。杨增新还采取分化手段，利用不同民族、部落和地区之间的矛盾，在穆斯林民族和非穆斯林民族之间，以及在不同民族的穆斯林之间造成相互牵制的局面，从而达到维持其地方割剧势力“长治久安”的目的。
清末新疆的陆军和巡防营都以汉人为主，为了羁糜回族和其他穆斯林民族，同时牵制以汉人为主的旧军队，杨增新组建“回队”、利用“回队”牵制以维吾尔族为主体的地方卫队及哈萨克骑兵。这样，在新疆占绝大多数的人能够就范，汉族人也就被牵制住了，从而达到牵制其他民族的目的。为了维护新疆社会的安定，巩固自己的统治，杨增新采取了一系列防范、遏制“双泛”(“双泛”是指19世纪末20世纪初出现的泛伊斯兰主义和泛突厥主义)思潮的有力措施，如对外籍来疆者，一律严格清查其身份，根据不同情况分别予以处置，或不准与本地人接触，或押解出境，或烧毁所散发的宣传品，同时禁止外籍人员在新疆私设学校，或充当教习。而对勾结外国人蛊惑宣传“双泛”思潮的中国人采取严惩措施。新式学校中肆无忌惮地向学生宣传“双泛”思想的外籍教师，被当地政府驱逐出境，这类学校也被当地政府查封。
金树仁同杨增新有师生之谊，从甘肃高等学堂毕业后来到新疆，曾任阿克苏等县知事。1926年升任省府政务厅（后改称民政厅）厅长。杨增新被刺杀后，金树仁被国民政府任命为新疆省政府主席。在对待宗教问题上，金树仁采取严加戒备的态度，其歧视和压制的民族、宗教政策，使新疆的民族矛盾不断被激化。如他无计划地安置难民，并以掠夺维吾尔族农民的农田，损害穆斯林的水利设施为代价；滥垦造成了牧场破坏，又直接影响到以牧场为生的哈萨克、柯尔克孜等族穆斯林的生存基础；乘军队扩编之机，逐步淘汰了大部分回族军官，而代之以甘肃的汉族人。许多汉族官吏及军士也以大汉族主义对待穆斯林，引起了各族穆斯林的极大愤慨 ，酿成了冲突。最有代表性的是1931年的“小堡事件”。
新疆艾提尕尔清真寺
1931年2月27日，哈密东部沁城乡小堡镇汉族驻军的一个排长张国琥(临夏人)不顾民族习俗，强娶了当地维吾尔族女子。当地维吾尔族农民当夜开进沁城，举起义旗。当地驻军被全歼，并很快发展成为遍及全疆的大暴动。最后，金树仁统治垮台，盛世才成为统治新疆的新军阀。
盛世才出生于辽宁汉军旗人之家，曾两度赴日本学习。回国后曾在国民革命军总司令部任职，1930年盛世才来到新疆。哈密民变后，盛世才借政变之机建立起封建军阀政权。在处理民族、宗教问题时，竭力标榜自己实行民族平等、保障信仰自由，但到了政治气候一变，他就残酷迫害少数民族人士，采取近似消灭伊斯兰教的打击政策。如1934年4月12日，由新疆省政府发表的宣言书中提出的施政方略（通称“八大宣言”），把民族宗教问题放在领先地位；后又正式形成了作为其完整纲领路线的“六大政策”(即：1、反帝；2、亲苏；3、民族平等；4、清廉；5、和平；6、建设)。在开始宣传贯彻这些政策的过程中，产生了较积极的反响，如当局吸收少数民族人士参加政府工作，缓和了民族矛盾；在召开的新疆“第二次全省民众代表大会”上，成立了“新疆民众联合会”，专门处理民族关系问题。会上还确定了对新疆各民族的称谓(包括对维吾尔、柯尔克孜、塔吉克、塔塔尔等族)；成立了一批群众性的民族文化促进会；推动穆斯林民族教育的发展等等。但这只是盛世才借“六大政策”之名来建立个人的独裁政权的一种策略。当他站住脚跟后，便刻意罗织“阴谋暴动”罪名，迫害各族穆斯林人士。如他先把在少数民族中有威望和实力的人笼络进政府机关，然后将他们罗织到各次阴谋暴动案中，对他们进行关押、甚至处决。
盛世才离开新疆后，新疆进入国民党直接统治时期。在军事上失利和国内外和平呼声高涨的背景下，国民党政府派张治中赴迪化组织和平谈判，签订了《和平条款》，并组建了省联合政府，但这个政府很快就解体了。1949年1月，包尔汉就任新疆省政府主席，9月19日，包尔汉致电毛泽东，表示决意与国民党政府脱离关系。10月20日，人民解放军先头部队进驻迪化，新疆和平解放。
