明清两代，随着城市的发展、人口的集中，以及交通日渐发达，传染病的流行开始呈上升趋势。据文献统计，明代276年间大疫流行64次，清代267年间大疫流行74次。严峻的现实，促使医家更多地关注、研究这一问题。

    继明末清初吴有性著《瘟疫论》（1642）阐发疫病流行之特点、治疗之法当与《伤寒论》有所不同后，江浙地区又相继出现了一些相关的新理论与治疗方法。其共同特点是认为“温热病及瘟疫非伤寒”，故后人称其为“温病学派”，叶天士（1667—1746）乃其中的代表人物之一。

    对于以发热为主要临床表现的流行病，叶天士将其进程分为“卫、气、营、血”四个阶段，不再沿袭《伤寒论》“六经辨证”的体系。其特点在于用药偏于寒凉；针对高热惊厥等临床实际，采用了犀角、羚羊角等一些《伤寒论》治疗体系中未曾使用过的新药。正如叶天士所言：“辨卫气营血，虽与伤寒同，若论治法，则与伤寒大异。”

    明清笔记小说对叶天士的学医经历和不拘一格的用药特点多有描述。其代表作《温证论治》，乃叶天士“游于洞庭山，门人顾景文随之舟中，以当时所语，信笔记录”而成，由此亦可略窥叶天士的潇洒性格。

    其后又有在学术上毫无门派之见的吴鞠通（1758—1836），在全面研究上迄《素问》、张仲景，下至吴有性、叶天士的相关学说后，把温病传变与脏腑病机联系起来，提出将温病分为上焦（肺与心）、中焦（胃与脾）、下焦（肝与肾）三个阶段，即所谓“三焦辨证”的理论体系。

    叶天士的“卫气营血辨证”与吴鞠通的“三焦辨证”，既是温病学派的学术主旨，也是中国传统医学理论体系发展长河的最后一站。

    明清时期，中医在传染病防治领域还取得了一项重大突破：人痘接种预防天花。天花约在公元1世纪时传入中国，千百年来，对于这种烈性传染病一直缺乏有效的防治措施。据文献记载，明隆庆年间（1567—1572）出现了人痘接种法（从天花患者身上取得痘苗，接种到健康人身上，促其产生天花反应，获得免疫力），随后在全国广泛应用，并先后传入俄罗斯、英国、日本、朝鲜、土耳其等国。在英国医生琴纳（Edward Jenner，1749—1823）于1798年发明牛痘接种法之前，人痘接种法一直是人们有效预防天花的主要方法。

患天花的小孩