古人有“用药如用兵”之论，将医生使用药物治疗疾病比作将军指挥士兵打仗。用兵与用药，都既有单刀直取的精彩战例，也有协同攻敌之法。打仗需灵活指挥，但其中含有排兵布阵的基本章法；医家需辨证施治，但组方用药也有一定的规矩准则。
中医处方，上面标有所用药材的名称和分量，
以及服用方法。
按照一定的理论或屡试不爽的经验确定下来的药物配方定式，称为“方剂”；按照这些定式制成丸、散、膏、丹出售，谓之“成药”；参考定式加减化裁，手书一纸，令患者到药铺抓药，便是“处方”。而有关如何配合用药、制定方剂的原则，或对已有方剂的分析，如何变化使用等等的论说，便构成了用药原则、组方理论，即现代中医所称“方剂学”。
按照处方配药
《黄帝内经》中只有十几个简单、完全不可用的原始药方（如用头发、鸡屎等），但却有至今仍作为中医教学内容的三种“方剂学理论”，即“君臣佐使”、“七方”、“气味配合”。
“君臣佐使”，是说药方的构成包括：针对疾病发挥主要治疗作用的“君药”、协助君药发挥作用的“臣药”、制约药物毒性或是增强君药和臣药疗效的“佐药”、引导药物直达病所的“使药”。
由此关联到“七方”之说，即一个药方的构成，可以是药味少、用量小的“小方”（如一君二臣），也可以是药味多、用量大的“大方”（如一君三臣九佐）；因组成药物的数目不同，有“奇方”（如一君二臣），也有“偶方”（如二君四臣）；有药性峻猛、急于取效的“急方”，也有药性淡薄、需长期服用的“缓方”；上述之外，还有两方及两方以上组成的“重方”（也称“复方”）。
这些理论并非来源于实际治疗的经验总结。例如《黄帝内经》说“攻下之法不用偶”，而《伤寒杂病论》中的峻下之剂“大承气汤”正是由偶数药物组成；又说“奇之不去则偶之”，则奇偶之分也就没有什么意义了。再者，“使药”，也就是“引经药”的使用，实际上是金元时期才出现的事情。所以可以认为，无论是“君臣佐使”说本身，还是“大、小、奇、偶”之方中的君药、臣药、佐药的数目，无非都是比附人间社会的空中楼阁。
然而，当代很多研究者却认定这就是《伤寒杂病论》诸方剂制定时所依据的法则。当他们按照这种理论来分析方剂时，一个方剂中不管有多少种药，都会被分列到君、臣、佐、使四项之下；反之，哪怕只有两种或三种药，也会按这四项来一一对应。
而较为注重客观事实的学者虽然在论说方剂学理论的发展历史时，也会提到今本《黄帝内经》中的“君臣佐使”说，但基本上都认为要到宋代以后，才有真正的方剂理论与实际应用。客观地讲，“君臣佐使”理论所具有的积极意义，在于使人懂得组方用药必须注意主次之分与相互配合。
明代《本草品汇精要》彩绘药物加工图
早期的药物学著作《神农本草经》中就药物配伍宜忌问题所提出的“七情和合”说，也常常被作为重要的方剂学理论。所谓“七情和合”，是说药物除“单行”（单独使用）外，还存在着“相须、相使、相畏、相恶、相反、相杀”共七种关系。其中的“相须”、“相使”，都是说两种药物的协同、配合关系；“相畏”、“相杀”都是指一种药物的毒副作用能被另一种药物减轻或消除；“相恶”指一种药物能使另一种药物原有功效降低，甚至丧失；“相反”则是指两种药物合用能产生毒性。
盛装丹药的药盒，小巧玲珑，方便随身携带。
因此，方剂发挥作用，并不是组成它的每一个单味药的功能简单相加，而是随着配伍当中所选取的药物，或取它相辅相成的作用，或取它相反相成的作用，最后形成一个很综合的功效。
唐代由中国运往日本的药物，日本正仓院藏。
历史上曾有一些以“药对”为名，专门研究两药配合的著作。当代方剂研究的一项重要工作，便是希望借助现代药理研究的结果，来说明哪些药物的配合是具有科学道理的。例如，在对于“芍药甘草汤”，这个始见于《伤寒论》，并被后世广泛应用的方剂的有关研究中，可以见到如下论说：
芍药所含的芍药甙有解痉作用，据分析是对平滑肌的直接作用……又有镇静、镇痛与抗惊厥作用，它对中枢神经系统的不同部位，均显示一定的抑制作用。
甘草的主要成分是甘草甜素、甘草次酸、各种黄酮及甘草糖苷等，具有肾上腺皮质样作用、罂粟碱样的镇痉作用、非对抗性β受体样作用和镇痛、抗溃疡、镇咳、解毒等作用。
本方治疗骨骼肌疼痛的主要成分为芍药皂甙、甘草皂甙及芍药配质酮，其作用原理各不同。
虽然人们常常会采用传统中医“酸甘化阴，柔肝舒筋，和营通络”来说明何以芍药、甘草二味相配，便具有缓急止痛的功能，但这种解释毕竟是缺乏说服力的。因为如果将其中的芍药换成酸味更强的乌梅，则适于治疗胆道蛔虫症；如以符合酸甘之味的糖与醋取而代之，恐怕也很难见到明显的“缓急迫”的效果。
装散剂的药瓶，散剂多为两种以上药物混合制成的粉末，可供内服和外用。
有效成分及其药理作用的现代研究，不仅说明了甘草何以能够治疗“急迫”、“诸痛”；而且对于所谓“协同作用”，也说清了所以然，但却无法解释在久远的古代，人们何以得知此两种药物会有协同配合的关系。因此可以说，中医基础理论与治疗方法相结合的两大方面——经络学说与针灸疗法、药物理论与方剂，实际上都还笼罩在迷雾之中。
香熏炉。很多香料都被中医用作药物，
古人常利用它们燃烧后产生的芳香气味，来除秽杀菌、祛病养生。
宋代以后，方剂学出现了新的特点，即将方剂按功效分类，使“治法”成为方剂学研究的重要内容。所谓“治法”，即汗、吐、下（下泻）、和（调和）、温（温里祛寒）、清（清热降火）、补（补益）、消（消导消散及软坚化积）“八法”。在临床实践中，根据病情不同，“八法”或单用，或多法互相配合应用，如温清并用、消补并用、汗补并用等等。
