虽然在很早的时代，便已有了明确的社会职业分工，匠作百工的技艺与知识也各有专门，但就与“人”有关的知识而言，却并非如此。中国古代的睿智哲人，在“近取诸身，远取诸物”的类比思维方式指导下，认为天地一太极，人身亦一太极，天地大宇宙与人身小宇宙的构造、运动规律可以互证、类通。道家倡导的“一切顺应自然”观念，同样是以类比天地万物发生、发展、死亡的自然规律为理论依据。而现存最早的中医经典《黄帝内经》中，所讲述的“四季养生”的基本规律——春生（发生）、夏长（繁茂）、秋收（内敛）、冬藏（休眠），便是医学受到道家思想影响，采用类比思维的典型个例。
20世纪初一位中医大夫诊治病人时写下的病历，
中医学称之为“脉案”。
如果浏览浩如烟海的历代中医著作，便会发现这种类比的运用，在中医基础理论的构建与实际治疗方法的创制中比比皆是。换言之，如果不了解类比思维，也就根本无法理解中医。
汉墓出土医用金针
例如在基础理论方面，可以见到比附朝廷官制言说脏腑功能的所谓“藏象学说”（如“心为君主之官、脾为仓廪之官、肝为将军之官、胆为中正之官”）；药物在组方中分别担负君、臣、佐、使不同作用的所谓“方剂学”理论；比附自然界大小河流及调节水量的湖泊，来言说人体气血运行通道的所谓“经络学说”等等。在病理诊疗方面，设想着某种外界的“邪气”之所以能够进入人体，必然是体内出现了一定的空间，只要能将这个不该有的空间填满，不该进入的“邪气”自然就会被驱赶出去，由此产生出旨在“扶持正气、培植本元”的“补法”，以及驱赶外来“邪气”的“泻法”等治疗手段；或是着眼于躯体的疾患好比自然界中的水道淤滞而泛滥成灾，从而有了“解郁”、“消食导滞”等治疗理论与方法。在药理方面，例如沉香木质地沉重，入水不浮，所以用其引导气血向下行走；而生长在植物顶端的花，则认为其自然会有引导气血向上的作用。实际上，当涉及中医诸多具体问题之“所以然”时，往往会归结到这一简单的思维模式——类比。
古代医家用“医者意也”四个字概括了他们是如何广泛运用类比思维的——医学理论的神秘性、治疗方法的灵活性、医家的悟性，都只能以一个“意”字来体现。换言之，中国传统医学的神韵，就蕴涵于其自身所具有的那么一种“可以意会，难于言传”的味道当中。近代硕学梁启超（1873—1929）曾说：“中国凡百学问都带有一种‘可以意会不可以言传’的神秘性，最足为智识扩大之障碍。”而其所举之例，即是中医。的确，较之于任何一种其他古代科学（如天文、算学）或实用技艺，中医都更具中国传统文化的特征。
清代走街串巷卖药的江湖郎中
时至今日，当人们不断地以西方科学的目光与标准来审视、衡量、评价、要求、改造包括中医在内的中国传统科学时，“医者意也”所代表的传统医学之神韵——这种与近现代科学格格不入、“最足为智识扩大之障碍”的基本性格，自然就会受到更多的非难。
唐代窖藏出土药盒，内装炼丹的药物。
类比思维在中国古代哲学层面上又往往被描述成“天人合一”的“感应论”。学术界普遍认为，这是中国人思考方法中的基本原理之一，尤其是天人相感论，构成了中国人思想框架的一个重要组成部分。成书于公元前3世纪的《吕氏春秋》即云：“类固相召，气同则合，声比则应”（同类相互吸引，“气”相同则可以融为一体，声音相同则产生共鸣）；至北宋，赞宁（919—1001）在总结前人的基础上，撰写了《物类相感志》，罗列了500多种物类相感的现象；到了理学家程颐（1033—1107）手中，这些现象被抽象为一个基本原理：“天地间只有一个感与应而已。” 因而，在承认中国传统医药学包含许多经验知识的同时，更要知道“感应”（或言类比思维）在其中所发挥的重要作用。
清人《医道图》，描绘脉诊场景，这是中医最基本的诊断手法。
要之，“感应”的思想方法具有既可产生巫术（majic），也可产生科学的两面性。例如认为小儿“兔唇”是由于孕妇见到兔子和吃兔肉所致，显然是基于“相似律”或“接触律”而来的巫术禁忌，但被认为富含许多科学内容的古代“胎教”知识，却是建立在同样的思维基础之上。明代的李时珍（1518—1593）是著名的古代医学家，但在他的《本草纲目》中，同样可以见到此类显然不是源于实践的“用药知识”。例如，基于铳楔（一种旧式火器）具有击发的功用，而将之用于“难产”；基于梳子具有疏通的作用，而将之用于“乳汁不行”。前者肯定于事无补；后者疏通的作用虽不可能转移到乳房，但“梳乳周回百余遍”的过程，却能起到按摩（物理治疗）的作用，从而刺激乳汁的分泌。
中国历史上一些著名的医家常被民间神化，如有“药王”之称的孙思邈，相传他曾为龙、
虎治病，龙、虎为报答他，永远侍奉其身边，所以这座孙思邈塑像中同时有龙、虎形象。
诸如此类的例子不胜枚举。值得注意的有两点：一是源于类比的治疗方法、药物功能设想，在实践中择真汰伪，不断接受检验，但不管它们是荒谬无稽，还是确有实效，其发明原理是一样的。二是这种简单、原始、人类最基本的思维方法，并不仅仅广泛运用于人类文明发展早期。不同时期医药学的发展，从某种意义上讲，正是这种思维方式被进一步广泛运用的结果。而当近代科学传入以后，当“实证”取代“类比”成为人们的基本思维方式之后，传统医学的知识体系才会变得令一般人感到陌生和难以理解。
李铁拐瓷雕像，李铁拐是传说中“八仙”之一，
身背药葫芦，常在民间医治疾病。
