原始宗教发展到晚期，出现了专职祭司——萨满，那时原始宗教又被称为“萨满教”。萨满教在新疆古代各民族中都曾十分盛行。在回鹘人中萨满享有很高的地位，他们不仅参与部落重要事务的决策，连行军打仗也要随行，他们参与军机并负责祈求神灵保佑军队打胜仗。新疆地区的《乌古斯可汗的传说》、《突厥语词典》、《福乐智慧》等古籍文献中，对回鹘人的萨满教信仰都有大量记载。《福乐智慧》中还专列一章论述应该怎样对待喀木（萨满）。在维吾尔、哈萨克、柯尔克孜等民族中，迄今还程度不同地保留着萨满教的习俗，如朝拜麻扎（伊斯兰教徒中显贵的陵墓），在麻扎上插树枝，拴布条，挂牛马尾，跳萨满舞等。