6世纪前后，摩尼教传入新疆。这是继袄教之后传入新疆的又一波斯宗教。摩尼教是由中亚的粟特商人相继来新疆经商，他们在阿勒泰，吐鲁番和罗布泊等地定居下来，形成一个个居住区。到唐贞观年间（627-650），唐国大首领、摩尼教徒康艳典来到隋末废弃的蒲昌海（罗布泊）石城镇，重筑新城。此后随着粟特人日益增加，又在石城镇周围新建了三座城镇，在罗布泊地区形成了以石城镇为中心的粟特摩尼教徒聚居区。9世纪中叶，以摩尼教为国教的漠北（蒙古高原北部）回鹘汗国破灭，一部分回鹘人迁入新疆，在吐鲁番地区建立了高昌回鹘王国，仍以摩尼教为国教。这些回鹘摩尼教徒的到来，壮大了摩尼教的势力，促进了摩尼教在新疆的发展。近代以来，在吐鲁番地区陆续发现和出土了大量摩尼教的文物、壁画和遗址。后来，随着回鹘人改信佛教，摩尼教逐渐走向衰落，但直到宋朝（960-1279），吐鲁番、和田等地仍有摩尼教徒在活动。