摩尼教传入前后，景教也传到了新疆。景教是中国对基督教聂斯脱利派的称谓。景教传入初期主要流行于吐鲁番地区。信仰景教的除少量的回鹘人外，主要是来华的叙利亚人、粟特人和波斯人，主要是来华的叙利亚人、粟特人和波斯人。西辽至蒙元时期（1124-1368），由于实行宗教自由政策，景教才逐渐传播到南北疆各地。当时，喀什噶尔是景教25个行教区的第19教区。意大利著名旅行家马可·波罗行经新疆途中，在喀什噶尔、叶尔羌、和田、轮台、伊犁、吐鲁番、哈密等地，都看到当地有景教教堂或景教教徒。这一时期有大量畏吾儿人接受了景教，以致当时在西域的一些西方旅行家认为畏吾儿人是聂斯脱利捎的基督教徒。元代（1206-1368）以后，除伊犁地区外，景教逐渐消失。