新疆的民用航空事业发端于1931年2月成立的中德合资经营的“欧亚航空公司”。此后，又先后成立过“哈阿航空公司”、“中国航空公司”、“中央航空公司”，这些航空公司都是时办时停。到1949年，新疆的哈密、迪化（今乌鲁木齐）、伊犁（今伊宁）机场已基本瘫痪，机场设备及导航设施十分落后。

　　1950年7月，中苏民用航空股份有限公司在南疆的库车、阿克苏、喀什等地新建了简易机场，经营乌鲁木齐到这3个城市的航线，以及北京——太原——西安——兰州——酒泉——哈密——迪化——伊宁——阿拉木图航线。1954年12月，在苏方将中苏民用航空公司全部股份移交给中国民航局后，组建了中国民用航空西北管理处。1955年9月，中国民用航空西北管理处改为中国民用航空乌鲁木齐管理处。1956年，除原有飞机营运外，又引进了苏制伊尔－14型飞机3架，相继开辟了乌鲁木齐至和田、阿勒泰、克拉玛依的航线。这一时期所建设的和田机场、阿勒泰机场、克拉玛依机场，均为自然戈壁跑道面。

　　1959年12月成立了新疆民用航空公司，此后至1984年底的25年间，新疆的民用航空业发展较快，组建了兼备运输航空、通用航空的混合飞行大队；引进了3架安－24弄飞机，并将原有的里－2型飞机逐步更新为运－5飞机（15架）、伊尔－14飞机（2架）和安－24飞机；新开辟了乌鲁木齐至塔城、乌鲁木齐至富蕴、乌鲁木齐至库尔勒、乌鲁木齐至且末4条航线，相应地建设了机场设施和导航站。1973年国家投资7185万元，对乌鲁木齐机场进行了扩建。

　　随着经济建设的快速发展，新疆民航加快了开通国内、国际航线的速度。

　　1985年，经国务院批准，民航总局与新疆维吾尔自治区人民政府联合国组建了“新疆航空公司”。此后，利用银行货款先后购置了5架苏制图-154型喷气式客机和2架当时设备先进的双水獭小型支线客机，实现了由中小型飞机向大型飞机的过渡。随后，陆续引起了3架伊尔-86宽体客机、2架波音737-300型客机、5架先进的支线ATR-72客机和6架波音757客机。目前，新疆航空公司拥有各类飞机21架，飞机商载总吨位431吨，座位总数3397个，运输能力大大增强。

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　　新疆民用航空在区内已拥有11个机场。1979年以前，这些机场中只有乌鲁木齐机场及和田、库尔勒、阿克苏等4个机场有水泥跑道，其他航站的机场均为土质或砾石跑道，而且地面保障设施简陋。20世纪80年代以来，加快了机场和飞机保障设施的改造和更新步伐，大部分机场进行了改造和扩建。如扩建后的乌鲁木齐国际机场，建筑面积47800平方米，飞行区按4E级标准设计和施工；新建跑道长3600米，宽45米，旧跑道也进行了改造，并向西延长400米，用作平行滑行道；西站坪56715平方米，可停放8架大中型飞机，东站坪51675平方米，可停放9架大中型飞机；道面可满足波音747-400、麦道-11等大型飞机全载起降。面积5653平方米、塔筒高47米的新航管楼也拔地而起，内部设施先进，短波通信、有线遥控监视、内部程控等设施和气象工程卫星系统、云图系统、观测和遥控系统等均达到民航工程施工的技术标准和要求。

　　新疆内航站的硬件设施也得到了很大改善，11个航站均已安装了先进的多普勒全向信标、无线电测距仪等，提高了保障能力。伊宁机场完成了基本设施的安装。伊宁及和田机场可以起降波音737客机；克拉玛依、阿勒泰等4机场正着手改造；有“古丝绸之路明珠”的南疆重镇喀什投资2亿元改建机场。

　　新机型的引进，机场设施的改善，拓宽了新疆航空市场，运输量也得到迅速增长。1999年，新疆民航通航里程达到14.19万公里，客运量、旅客周转量、货运量、货物周转量分别为145万人、31.79亿人公里、3.17万吨和8800万吨公里。与50年代建国初年相比，新疆的民用航空事业实现了大的发展。

　　新疆目前是中国航线最长、航站最多的一个省区。乌鲁木齐机场是中国五大门户机场之一。这里每星期起落航班100多架次。国内航线通达北京、上海、天津、西安、西宁、兰州、敦煌、嘉峪关、郑州、济南、青岛、烟台、武汉、广州、成都、重庆、昆明、沈阳、大连、哈尔滨、福州、厦门、杭州、宁波、温州、常州、桂林、长沙、海口和深圳、珠海等大中城市；区内航线通达喀什、和田、阿克苏、库车、库尔勒、且末、伊宁、阿勒泰、克拉玛依、塔城和富蕴。而国际空中通道则可通达土耳其的伊斯坦布尔、哈萨克斯坦共和国的阿拉木图、吉尔吉斯斯坦共和国的比什凯克、乌兹别克斯坦共和国的塔什干、俄罗斯联邦的新西伯利亚和莫斯科、巴基斯坦的伊斯兰堡等地。乌鲁木齐至香港的包机航线也已通航。目前，新疆航空公司经营着61条航线，形成了以首府乌鲁木齐市为中心，连接国际、国内40多个大中城市及区内12个地、州、市的航空运输网络。